当急促的马蹄声逐渐迫近，畠山高政还以为己方的大势已去，顿时被吓得魂飞魄散，当即下令撤兵，自己更是准备再度逃回纪伊，也顾不上本阵之中的涂舆、旗印等重要物品，生怕带上这些跑慢了被三好军的骑马武士追上。
而畠山高政身旁的家中重臣药师寺弼长则连忙劝阻道：“半进半退，乃战之常体。眼下我军大部兵众全整，未有亏伤，御屋形殿抛下大军而走岂非荒谬？！御屋形殿的马足一动，人情骇乱，不可复振。还望您坚守本阵，以安军心！”
现任，畠山高政已经被三箇濑远的突袭本阵吓破了胆，也不打算派遣近臣去仔细打探，便在马廻众的护卫下，头也不回的逃往纪伊方向。
正如药师寺弼长所言，金吾畠山军因总大将逃离战场后，还在奋战的金吾畠山军各部很快就陷入总崩溃，战场瞬间变成屠宰场一般，金吾畠山军或死、或降、或逃。算上攻打河合寺城的折损兵力，此次金吾畠山军被讨取之人高达六千余人。
在大师原的一片平原之上，鲜血把草地、农田染红，金吾畠山军的死尸横七竖八，没死的也在拼命逃窜，好不容易恢复了一些元气，且招揽了一些旧臣的游佐信教，无论如何也想不到会有这样的失败，这甚至比丢了河内一国以及原先的本据若江城还要耻辱。
游佐信教接受不了这个事实，死死地抓着马鞍仍然不肯退兵。
作为河内游佐家庶流出身的丹下远隆眼见形势不妙，深知再拖延下去必定危险，便狠狠鞭打游佐信教的马，才迫使游佐信教率残部突围离开战场。
丹下远隆是可是追随过游佐长教的元从宿将之一，征战多年经验丰富，从他的反应约略可知，金吾畠山军的败局已经到了无力回天的地步。
只不过，三好康长的目标并不是游佐信教、安见宗房、汤川直春等金吾畠山家重臣，反而是畠山高政。他甚至来不及处理降兵，率军急追畠山高政。
当然，畠山高政是轻车熟路，也不是第一次往纪伊跑。他一路狂奔，为了加快速度，随军所携的粮草辎重尽数丢弃。
即便如此，畠山高政逃到河内、纪伊两国境目地带的纪见峠，依旧没能摆脱紧紧尾随的三好军骑马武士。
在此情急之下，牲川义次之子牲川义则为了能让主君畠山高政逃出生天，便主动与畠山高政互换了战马。
因为畠山高政所骑战马是有着毛毡鞍覆，在人群之中非常显眼。
而后，牲川义则就主动与金吾畠山家十余名马廻众担任殿军，来与迫近的三好军进行交锋，以此来为畠山高政争取足够的时间逃入纪伊境内。
正所谓双拳难敌四手，恶虎还怕群狼。
虽说牲川义则勇猛不下于其父牲川义次，但终究兵力寡少，在砍翻了十名骑马武士后被不断涌上前来的三好军足轻用长枪刺下马，而后被讨取。
得益于牲川义则的主动充当畠山高政影武者，以及三好康长专注于追击畠山高政的缘故，畠山高政在药师寺弼长、大冈赖尹等家中重臣的护卫下逃入纪伊境内。
尽管游佐信教、安见宗房、汤川直春等金吾畠山家重臣们心有不甘，企图收兵再战，但随金吾畠山军一同参阵的铃木重意、土桥平次、的场源七郎、岩室坊清祐、往来右京（根来右京）、杉坊觉春、杉山右马允、爱染院长算等杂贺众、根来众诸将获知总大将畠山高政已经败走的消息后，顿时战意全无，在利用大量铁炮攒射击退三好军的攻势后，便迅速撤回了各自的本领。
而三好军的平松宗实、三宅村良、藤泽赖亲、三箇濑照、甲斐庄正治、平盛长等将深知和田左卫门尉、和田次男太郎父子这个前车之鉴，他们可不想被杂贺众、根来众的铁炮队打成筛子。
如此一来，游佐信教、安见宗房、汤川直春等金吾畠山家重臣们在失去根来众、杂贺众的支持下，自知很难与三好军继续交锋，便被迫收拢己方败军后，也紧随根来众、杂贺众之后，退入纪伊境内进行休整。
而先前在大师原上表现活跃的牲川义次，最终因伤势过重，还没返回其居城长薮城就不治而亡了。
另一方面，三好康长在获知麾下与力姫田甚左卫门将金吾畠山家现任家督‘畠山高政’讨取，并缴获了其毛毡鞍覆后，感到非常高兴，也不对金吾畠山军溃兵继续追击，便见好就收，于纪见峠一带配置守军后，便返回了居城高屋城，进行首实检。
然而，在甲斐庄正治、三箇濑照、平盛长等原金吾畠山家重臣们，以及被俘的金吾畠山军武士的指认下，三好康长这才知晓姫田甚左卫门所部讨取的是牲川义则，而非畠山高政。
还没等三好康长松一口气，三好长庆发兵烧讨比叡山延历寺的消息就传至河内、纪伊、和泉、大和等国。
对三好家烧讨比叡山延历寺反应最大的就数高野山金刚峰寺。
作为扶桑境内与比叡山延历寺有着同等地位，且还是真言宗（真言密宗）名义上总本山的高野山金刚峰寺，虽然在豢养僧兵这方面不及比叡山延历寺，更不及其曾经的下辖分寺根来寺，但也是有着一千余僧兵护卫寺领的。