在大内义隆、大内义尊父子二人皆死于非命之后，陶隆房并没有就此罢手，反而挥师渡过关门海峡（马关海峡），攻入了筑前一国，将逃亡至此的相良武任，以及庇护其的筑前守护代杉兴运一并攻杀。
尽管此时的陶隆房是铲除了自己的死对头，恶气也出了，可发起下克上也是要讲究方式方法的，再怎么说陶家也是大内家庶流、周防守护代家出身，家格上就处于劣势地位。
加上原先陶隆房、内藤兴盛等大内家重臣们是打算拥立大内义隆的嫡男大内义尊，可陶·内藤·杉等部联军攻入山口馆、大宁寺等地后，就将大内义隆的子女几乎铲除一空，只剩下一名大原氏的女官怀有大内义隆的遗腹子（大石义胤）趁乱逃入石见，这才为大内家保留了仅剩的血脉。
这就导致陶隆房、内藤兴盛等人原先通过拥立年幼的大内义尊来执大内家牛耳的计划落空了。
但这依旧改变了西国、九州诸国的政治格局，更导致了大内家在肥前、筑前、丰前等北九州诸国影响力的迅速衰退。
不仅如此，冷泉隆丰、杉兴运、相良武任、平贺隆保、陶隆康、右田隆次（大内家庶流）、天野隆良（天野隆重之弟）、贯隆仲、黑川隆像（宗像氏男）、大田隆通、冈部隆景、冈屋隆秀、弥宜右延、藤岛实直、伊佐隆光、伊佐景久、深野隆弘、蔵田教信、小幡义实等诸多大内家重臣、侧近先后于大宁寺之变中殒命，使得大内家朝堂之上为之一空。
在大宁寺之变结束之后，为了避免大内家长期处于无主状态，陶隆房就从丰后的大友家迎接了大内义隆的外甥大友晴英为大内家的新任家督，并更名为大内义长。而后，陶隆房也从大友晴英处拜领一字，改名为“陶晴贤”。
之所以陶晴贤会选择从大友家迎来大内义长，就是为了维持家中各方势力的均衡，避免内讧范围进一步扩大。而且，大内义长还是大友家现任家督大友义镇的弟弟。如此一来，大内家就可以避免与关系微妙的大友家交恶。
而且，陶晴贤也可以以此来获得来自大友家的支持，来尽快稳定大内家治下领国，让那些旗下国人领主们不敢轻举妄动。
但随着大内义隆、大内义尊父子的死于非命，大内家新任家督大内义长却并没有获得大明、朝鲜两国的认可，大内家与大明之间的勘合贸易，以及与朝鲜之间的牙符贸易也因大宁寺之变而终结。
除了陶晴贤以外，毛利家也在大宁寺之变中获得了巨大的利益。
趁着大内家君臣内讧的大好机会，毛利元就发兵夺取了许多大内家在安艺国的领地，势力大涨。
之后，毛利元就还趁着尼子晴久在攻略伯耆、因幡、但马等国之际，派兵攻入了尼子家势力范围的备后国，夺取了不少的地盘。
但毛利家的迅速壮大引起了陶晴贤的不满和忌惮，双方也逐渐从盟友走向了对立。
然而，石见一国的有力国人领主吉见正赖却并不承认大内义长这位新任大内家家督。
吉见正赖可是大内义隆的姐夫，而且素有正直清廉之名。他的嫡男吉见广赖与大内义长一样，也是大内义隆的外甥。
正所谓肥水不流外人田，再怎么说吉见家与大内家之间的羁绊，要比大友家要深厚的多，怎么能从大友家迎来新一任的大内家家督呢？