民间大额交易会订立契约，法律原本规定了百分之三的契税，官府保证契约的法律效力，可是现在民间根本不交契税，茅元仪建议严厉打击偷逃契税，再把契税提高到百分之五，一年收入也有五六百万两。
还有明朝只对行商收税，坐商没税。有固定产业的大商贾反而比到处辛苦奔波的行商负担更轻，很不合理，茅元仪建议全国除了穷乡僻壤以外，对各类有固定门店的商人，当铺、布店、衣帽店、百货店、屠夫肉店都收税，按财产和利润收十分之一。甚至提出于收买人心，阻挠收税的士大夫必须严重处分，对经商的士宦之家取消优免，引起周围官员听众的强烈不满。
崇祯笑问收坐商资产税收入也有近一千万两吧，茅元仪同意，说到东南沿海盛行海上贸易，郑芝龙对往来商船收保护费一年就是近千万两，陆地上的坐商贸易额远在海贸之上，一年至少一千万两。崇祯说海上贸易也不能让郑家独吞，应该在东南沿海各港口城市设海关，收取关税，茅元仪又表示同意。
接下来茅元仪又说到严禁私钱、国家铸钱。南直隶和四川沿江芦洲派官员管理一年也能收入五六百万两，天下僧道度牒每一张银四钱，不仅是一项收入，也可以限制游手好闲的僧道数量。被突然跳出来的黄道周严厉谴责，说了一通云里雾里的大道理，茅元仪还没有发话，崇祯亲自上阵驳斥，引用邵雍的话说毒药有时都可以救命，内忧外患下聚敛之术当然可以用，平常的药治一般的病可以，重病没用。太平时说不与民争利还可以，现在还这样就太蠢了。
崇祯最后主动提出退让，茅元仪说的这些项目全部实施知道群臣肯定不同意，就先收酒税。在饥兵饥民遍地时大喝特喝不合情理，收酒税不仅增加财政收入，也可以限制浪费粮食酿酒，又可以避免民间酗酒闹事，一举多得，其他人也提不出什么反对意见来。就拍板任命茅元仪为户部郎中，负责征收酒税。
茅元仪起初不同意，说自己来的目的本来是关于袁崇焕的事情，想为袁崇焕求情脱罪，马上被崇祯打断，没让他管袁崇焕的事，说就凭茅元仪妄议军机大事，又自己承认勾连朝廷官员干涉司法（茅元仪之前谈军事时说过曾建议尽快杀掉熊廷弼），杖他一百流放海南不算冤枉，看在他财政上建策有功有才任用他。
又进一步威胁说刚才他对财政的议论已经让在场官员都对他极不满了，如果廷仗可能被打死，崇祯也保不了他的命。茅元仪这才被迫答应，又提出户部郎中从五品小官，查收酒税时遇到达官贵人难办，崇祯又任命黄道周为右佥都御史，督察征收酒税的事，和茅元仪分工配合。茅元仪负责制定征收酒税方案和执行，如果过程中有收税官员贪污或者其他官员勋贵阻挠征收酒税，则由黄道周弹劾。