武林中人，书院和葵花卫以外，沈飞倚重最多的就是黄药师，也用交换桃花岛武功的名义把全本《九阴真经》给了黄药师，不仅商量武器的研发，还把一些军事战术思想和黄药师交流，使黄药师成为一个重要的作战参谋，沈飞的计划是黄药师必须具备取代自己指挥全军的能力，耶律齐和沈飞的几个亲传弟子也都是军事上重点培养的人才。
原因是新修版通过梅超风的回忆写了黄药师的身世和反宋思想，黄药师祖上是宋朝开国公侯，在五绝中家世仅次于南帝。祖父是宋高宗年间的御史，因为多次上书并且掀起民间舆论营救岳飞被高宗和秦桧杀害，家属流放云南，“他从小就读了很多书，又练成了武功，从小就诅骂皇帝，说要推倒宋朝，立心要杀了皇帝与当朝大臣为岳爷爷跟太师祖报仇”，是政治上和军事上最可靠的盟友。
欧阳锋出身西域，和南宋更没有关系，他虽然已经是孤家寡人，但是专门培育毒物和生化武器，对自己的帮助之大仅次于黄药师，沈飞也把五宝花蜜酒的配方共享给了他，和他一起敲定了加入新的毒物使功效翻倍的新药酒配方，经过欧阳锋同意，沈飞也把化尸粉加入了车骑营火器的专用火药里增加威力。
蛇类生长到成熟一般需要两三年，菩曲斯蛇这类异蛇则要慢一些，五年才能长成，山谷中原来有菩曲斯蛇200多条，再过一年数量就能翻倍，五彩雪蜘蛛倒是已经有了三十多只，沈飞只是取了毒液和蜂蜜釀制新版药酒，蜘蛛继续留给欧阳锋培育繁殖。本来沈飞曾打算和欧阳锋商量把蛇毒也掺进火药里，转念一想，蛇毒涉及欧阳锋的核心机密，而且中毒后能把人变成半丧尸化流毒无穷的效果过于恐怖，火器是要批量制造的，万一这种火器流出一批到了敌人手里对付自己人就大大不妙了，最终打消了这个念头。火器里掺的还是霍都的毒钉，李莫愁的冰魄银针这类配方比较“常规”的毒药，虽然霍都的毒钉蒙古人可能有解药，可是在战场上也是来不及解毒的。
洪七公在追杀藏边五丑时虽然也让丐帮弟子在陆家庄大会上传话秉持忠义舍身抗击蒙古，不过当时丐帮弟子互相议论的话里的意思也说南宋朝廷官员不可靠，抗击蒙古还要靠他们自己。而且洪七公外号“北丐”，丐帮的势力主要也是在北方，本人也曾经潜入南宋皇宫偷吃美食，从这些迹象也能推断出洪七公和丐帮都并不重视南宋政权。慈恩曾经的政治立场当然更甚，但是他们除了武功是五绝级的以外，其他方面的才能和黄药师比起来相差太远，除了武林中的事沈飞基本上不会麻烦他们。