以后的几年，就是按部就班的培养人才，等待各种政策的长期效果显现出来。对于曾经以蒙元担任官职或者中过进士者，也不是全部一棍子打死，还是留了一些口子，只要能够洗心革面，认识到错误，还是可以获得重用的。
对这些人中立了一个典型，就是刘祯。历史上他是四川明玉珍大夏政权的首席文官，也是元末进士出身，主持四川时却主张“尽逐胡元，以安中夏”，明夏的官制、教育、赋税和诏令文本大多出于他手，被时人视作诸葛亮，在他明确表态转变政治立场以后，也把他吸收进了翰林院的国策院。
第二是对于在蒙元任职的一些色目人，除了像莆寿庚这样南宋叛徒家族、阿合马这样残酷压榨供应元军后勤物资的腐败分子，阿老瓦丁、亦思马因这样造武器的侵略者帮凶必须严厉谴责以外，也有一些人是有不小贡献，没有参与罪行的，这些人当然持正面评价。
比如有“廉孟子”之称的廉希宪，就是维吾尔人，从他父亲开始就汉学精深，以“廉访使”官称为家族取了汉姓“廉”，廉希宪因研读《孟子》有独道心得受忽必烈赏识，是助忽必烈和阿里不哥争夺汗位取胜的关键谋士。
如果不是廉希宪帮助忽必烈和观望的辽东“东道诸王”结盟，平定了四川的内乱，否则忽必烈在丢失四川、辽东和阿里不哥的夹击下必败无疑，晚年主政荆南时也是政声和成绩极好。
类似的还有廉希宪同族出身的贯云石，回族著名文学书画家萨都剌都是，其中萨都剌虽然年近七旬，却还在世，历史上他是1355年去世，离朱元璋北伐1368年早了十三年，现在沈飞把攻陷大都的历史大大提前，就把他召进翰林院文学院任职，还给了他一颗生生续命丹树立为典型了。
对了在蒙元任职的色目人，除了少数恶迹昭彰的以外都给予宽容的评价，原因是在历史上明朝有很多历史名人都色目人后裔，或者就是色目人，典型是朱棣“靖难”之役时激烈抵抗绝不屈服的铁铉就是色目人，这还是在明初，只怕外貌还是保持色目人的特征，不过思想信仰已经完全汉化了。
还有后来大名鼎鼎有世界性声誉的航海家郑和也是色目人后裔，信仰伊斯兰教、佛教和道教，伊斯兰教是他家族的信仰，后来又在道衍（姚广孝）那里受了菩萨戒，下西洋前又正式在南京道教朝天宫受了道戒。