这些人大部分都是陕西灾民出身，新疆有不少绿洲农业，现代都是农业大省。棉花、甜菜、小麦，还有哈密瓜、葡萄等瓜果也大大有名，正好让他们移民过去进行开发。当然行政区域上不会再用“新疆”这种不伦不类，还留有隐患的名称，而使用唐代时的旧称，安西、北庭分治南北。
其他地方卫所制已经废除，卫所籍等同民籍，即便战时状态结束也没有恢复，不过安西和北庭决定恢复卫所制，各驻十万大军，及其家属，采用“生产建设兵团”的制度。至于行政官员，新科举早就已经走上正轨，对于赴安西和北庭任职的官员的升迁品级和俸禄给予一些“优惠”有大把的人愿意去。
西征战役之后，最后的一场大战了结，战时状态结束。至此，明朝社会完全进入了和平发展的阶段，就连崇祯本人处理的事情也大为减少了。沈飞则基本于处旁边的状态，就是和完颜萍一起教一下何铁手、阿九和郑成功三个亲传弟子，提议崇祯组建医学院，把自己的医学经验整理成著作交给医学院一起研究，不再是简单的师徒传承，一起改进几个丹方。
崇祯六年瘟疫爆发了以后，在沈飞的暗中引导之下，吴有性三年时间就提前总结出了致病的因素是“疬气”（病毒），和历史上没有引起重视不同，这时薄珏已经制作出了显微镜，已经可以看到“疬气”，很快被同行接受，温病学四阶段卫气营血也提前出世，不到一年就形成一支中医的流派在民间冶疫中产生了很大影响，吴有性本人当然也成了格理院翰林学士和医学院成员，还因为治疫有功得到了伯爵爵位。
显微镜出来了，望远镜当然也有突破，远超过了欧洲的水平，崇祯十二年编纂完成的《崇祯历书》刊印并且正式颁布新历，经过了之前李之藻制作地球仪的出售推广，“地球”概念在知识分子群体中已经深入人心。新历确实也有反对者，不过因为已经正式颁布，没有像历史上经过十年争论，加上之前科举里加入数学、几何等新内容，低配版望远镜也已经在民间发售，反对者也大多是以数学方法对新历法进行验算，倒是又带动起了一波新的数学几何热潮。
比较让沈飞吃惊的是开普勒和宋应星联合提出了万有引力，之前崇祯提出的机械波课题宋应星和薄珏已经取得了相当的进展，横波、纵波、波速、折射概念都已经一一提出。万有引力本来就可以通过天普勒定律结合力学原理通过数学方法推论出来，相关学科水平到了自然水到渠成，开普勒因此得晋侯爵，宋应星也晋爵为侯爵，至于薄珏，之前就因为制造出了显微镜而晋为侯爵了。