接下来就是法律上派遣官员调查当年屠杀明籍汉人的凶手，审判罪行，高级头目判死罪，普通士兵除了少数罪恶深重的判处年代不等的劳役，当然还有一部分参与的土著也一并处理。在战争中俘虏了一部分欧洲形制的战船和工匠，由军工司接手参与研发制造新型舰船。接下来还是和日本一样的经济殖民操作，总结战争经验、宣传工作跟进，南洋地区的贸易彻底纳入明朝官方的管制之下。
郑芝龙按照承诺被封为拓南侯，官邸放在台湾，也方便和郑成功见面。明朝官方和郑芝龙分别出资60%和40%组建南洋开发商行，集海上贸易和军事安保于一体，安排一部分退伍军人，享受半税待遇。为了增加出口贸易，王徵改进了织布机，飞梭织布机比起以前的织布机只不过加几个滑轮组的事，技术上没有难度，加上收回的海关权利，每年大概能增加两千万两白银的财政收入，以后出口商品增加了还会更多。
这三年的事情也不只是战争，《崇祯历书》的编纂进度已经达到了七成，新来到明朝的那些欧洲传教士已经精通中文并且学习了儒学经典和其他相关的中国学问，有了伽里略、笛卡尔和“天空立法者”开普勒三个欧洲大佬的参与和帮助，《崇祯历书》的内容比历史上丰富了许多，这也是到现在还没有编写完成的原因。
李天经、薛凤祚这些明朝本土天文学者都已经调入了编写工作组，成为了格理院翰林学士，天文学水平也在这个过程中提高了一大截，只是王锡阐还是一个儿童，没有成长起来。揭暄也是朝廷的暗中牵线之下已经成了方以智的学生，同时在国子监军校学习军事，按照历史上他涉猎的专业已经全面培养。
当然这些发展和沈飞本人关系不大，沈飞还是希望综合更多的医药学高手改进完善自己手里的几张药方，在傅山妻子陷入重病，其他医生久治无效时，沈飞去了一趟出手治愈了他的妻子，之后亮明了身份要求他“转专业”学医，其他的李中梓、汪昂、张璐也提前找了来先学习一段，等他们医术大成就可以交代他们任务了。
在这三年之中又有一部官方主持著作开始了编写，抽调了全国各地官方和民间大量学者进行，就是中国思想史。原先《宋元学案》黄宗羲只是确定大纲和少量手稿，《明儒学案》只是黄宗羲的个人著作，对于这么重要的思想史著作实在太不像话了。
而且黄宗羲明显是以心学为主体，前期主要人物陈献章就是心学的代表人物，中期的王阳明更是心学的门面人物，也最详细。除了列入王阳明本人的《姚江学案》还有江中王门、江右王门、南中王门、楚中王门、北方王门、粤闽王门，倾向性也太明显了。