两年以后，郑芝龙的朝廷的支持下，陆续吞并了李魁奇、杨六、杨七、钟斌这些海盗势力，实力大涨。又提前进行了历史上的“料罗湾海战”，不过这次是郑芝龙主动发起进攻，用上了薄珏制造的望远镜观察指挥炮击，和低配版的康格里夫火箭（命名为崇祯火箭一型）齐射碾压式的击败了刘香和荷兰人的联合舰队，直接在海战中击杀了刘香，并且趁胜攻克了台湾，驱除了荷兰人，之后又连续几次海战中，把荷兰了赶出了中国海域，郑芝龙也提前被任命福州都督。开始移民开必台湾设置地方政府。
中国和欧洲各国的海上贸易也彻底掌握了主动权，飞梭织布机只是在旧型织布机上加上滑轮组，这种改进对于王徵是小菜一碟，效率大增，暂时和郑芝龙合作经营，由他接货再转卖出去，一年也增加了两百万两银子的财政收入，并且已经依附郑芝龙培养出了第一批明朝官方的海上贸易熟手。
也就是这一年，七岁的郑成功回北京替换姐姐弟弟，开始读书。文化知识教育方面当然是由朝廷国子监安排，在和崇祯通气以后，沈飞正式收下郑成功为徒开始传授他武功，初版五宝花蜜酒是亲传弟子标配待遇，沈飞决定给他郭靖的配制，从全真功功开始，陆续教他九阴真经、降龙十八掌、金雁功、弹指神通、北斗禹步。
又过了两年，方以智和一百个派往欧洲留学的童生回了国，方以智也被任命为格理院翰林学士，那一百个童生兑现承诺赐同进士出身，一半分流到翰林院各院，一半补充到欧罗巴馆翻译欧洲图书。这批人回来其实提前了一年，原因是以方以智为首的这批学子都不信仰天主创世造物说。
虽然领受了留学任务，不会明说在欧洲引发冲突，不过日常的言行，以前宣扬明朝流行的程朱理学，也影响了欧洲的一大批学者，人可以凭个人修养而成长的学说还是对基督教产生了一定的思想冲击，引起了教廷的不满和警觉，引来一些非议，处境逐渐艰难起来，何况他们学习得也差不多了，最终决定提前回国。而且还有意外收获，有一批认同他们理念的欧洲学者和他们一起来了大明，其中就有大名鼎鼎的笛卡尔。