阎应元说这个吴昌时也是这次他出发以前崇祯交代要特别关注的人，不过在阎应元到了南京后的八九天里，吴昌时没有要离开南京的意思，似乎对自己掌控局势的能力很有信心。
玄武湖黄册库房被烧的案子，南京刑部初审以后，已经按东林派系的意思认定是阉党余孽勾结湖中吏员干的，阉党余孽里阮大铖的影响和活动能力最大，已经发出逮捕文书去桐城抓人了，不过阮大铖提前得到消息，躲进了深山中，还没有抓到。
钱谦益已经知道了案件过程，当然不会再被流言影响。而且熟知东林内情，说起了以往东林的习气，办理案件时只要涉案嫌犯被认为是可恶的奸人，那就算被冤枉，也被认为是惩奸除恶所需，不算什么大事。李三才在万历年间时，故意制造冤案，让死囚诬陷攀咬税监手下的税使，当时已经是这样。东林中人明知是构陷，也不觉得奇怪，还称赞李三才好手段。这事还是东林中人夸耀李三才功绩时沾沾自喜说出来的。
名列三大案的梃击案也是一样，一个疯子张差手持木棍去闯太子宫，打伤了一个看门的太监之后就被拿下的事情。谁都能看明白这是制造事端不利于郑贵妃，东林把持审讯让这疯子招供说是受郑贵妃指使，去行刺太子，还指名道姓供出郑贵妃手下两个太监。
阎应元听了介绍也觉得滑稽，说郑贵妃就算真要刺杀太子，也不会蠢到公开让一个人拿着木棍去打一个东宫看门的太监，天下没有这种愚蠢的行刺办法，哪怕是换成一把匕首，也让刺杀太子的案子做理更像真的一些。
钱谦益说可是当年那些东林前辈，认定了这么荒谬的行刺故事，还以此为依据穷追不舍追究郑贵妃刺杀太子的责任。阎应元说基本的情理他们都不考虑，这张差要说真有人指使，那也只能是被东林指使故意去构陷郑贵妃，那才解释得通。即便是构陷，这手法也太拙劣了。
钱谦益说这事明眼人一看就知道，不过这就是他们的心态。这些人的意思是只要他们针对的那人是所谓奸人，随便炮制一个案子，能把攻击的舆论指向奸人就行了，再拙劣也没有关系，也能达到打击奸人的目的。反正东林操控朝野舆论，这案子再漏洞百出，情理不通，舆论引导下，大部分人也不会朝不利于东林的方向去考虑。