原来奇门遁甲大阵最初源于四千六百年前的涿鹿之战，当时炎、黄部落联盟在与蚩尤联军的战斗中便应用了奇门遁甲之术。
在那场大战中，双方围绕中原展开角逐，足足打了一年多，胜负难分。战场形势胶着，黄帝每天都长吁短叹，心急如焚。
某天晚上，黄帝在睡梦中偶遇九天玄女娘娘，娘娘对黄帝说道：“你想打败蚩尤并不难，但你必须能寻到九星连珠时映衬在大地上的奇门，在这里安插一支伏兵，必能偷袭成功，一举破敌。”
这九天玄女，冥神曾经说过，是女娲大神的婢女，后来因为得罪了天帝，被天帝所诛杀。
当时，黄帝不解其意，于是便虚心请教九天玄女寻找奇门的秘诀，九天玄女便将这套法门倾囊相授，随后消失不见。
黄帝梦中惊醒后，连忙用竹棍在地上进行演算，将九天玄女传授的所有术数全部记录下来。由于当时没有纸笔，所以如何保存这些术数是个大难题。为了记下这些玄奇的法门，黄帝让属下将这些术数摘抄到龟甲上，编撰成一套《奇门遁甲》。
在某个吉日，黄帝命令手下修建了一座通天高台，这高台应该就是最早的法坛了。一切准备停当之后，他便在高台上进行了祭祀，正式演练了“奇门遁甲”大阵。随后，黄帝便将这套法门应用于战场，与蚩尤来了场殊死决斗。
作战过程中，蚩尤率领七十二路妖王释放了遮蔽战场的黑雾，一时间黄帝及其部下竟目不能视。靠着蚩尤的法力加持，南方蛮族得以在黑雾中斩杀华族的士兵。眼看黄帝部落即将落败，黄帝按照九天玄女的指示，调动了安插在奇门的那队伏兵，瞬间起到了扭转乾坤的关键作用。
这支伏兵以“背孤击虚”之法，顺利地将黄帝的主力军接引到生门，破除了遮天蔽日的黑雾，并将蚩尤的军队逼入死门，将其尽数歼灭。经过战争的验证，黄帝坚信“奇门遁甲”是至宝。于是，黄帝死前将写满了术数的龟甲交托给大臣风后，让他代为保管。
风后这人上知天文下晓地理，是阴阳术的行家。
在“奇门遁甲”的基础上，他以四个时辰标注一年中的四个季节，并删减了奇门遁甲中冗余的部分，将4320局术数变更为1080局。
最后，风后把1080局术数细化为540局阴遁和540阳遁，对奇门遁甲之术进行了全面改革。
殷商末期，一位叫姜子牙的修真者来到昆仑山上，向天帝请教了奇门遁甲之法。时值王朝之末，人皇帝辛昏庸无道，残暴生灵，百姓身处水深火热的环境中。姜子牙夜观天象，见周室将兴，于是，便在河边以“愿者上钩”之法获得周文王的垂青。