当时这样无限额地大量印刷钞票，供给国民政府军政费用，造成了恶性通货膨胀，而孔祥熙却把国家的金银外汇变相转入私人腰包。后来孔祥熙一核算，印一张钞票成本要美金几分钱，划不来，便决定进口油墨纸张，在香港由中华书局、大业印刷公司和大东书局日夜开工印刷大面额钞票。当年在香港印的钞票，要日夜不停地由中国航空公司和欧亚航空公司的飞机空运到重庆及内地。后来，孔祥熙又下令成立中央银行运输科和中央信托局运输科并自购卡车，先经由越南海防到广西南宁，以及由滇越铁路经昆明转运，以应急需。
当年在国民党政府中，政府官僚的私人费用实际上是难以分清楚的。孔祥熙可以随心所欲地从中央银行支给自家费用。如1938年10月1日，他曾以财政部长的身份，令本部拨给“行政院孔院长秘密费国币20万元，请记在国库项上报核”。1939年2月25日，他又以财政部部长名义拨给“行政院孔院长机密费国币20万元”。财政部长孔祥熙拨给行政院长孔祥熙，这不过是玩弄文字游戏而已，实际是把国家资金变成私产。而此时正值国难当头。
当年国民政府对各机关、企业的费用，表面上也有个预算制度。每次核定各省市预算时，行政院会计处和财政部要举行一系列的预算会议；且制定后若各省市预算处追加和移用，必须呈请行政院核处批准。但当时，只要走通孔祥熙的后门，各省主席和各省财政厅长直接上个折呈，经孔祥熙一批，预算就可以任意增加，经费亦可任意移用。有一次，甘肃省要追加一笔巨额预算，屡次向行政院表示，未得结果。那时甘肃的财政厅长是由孔祥熙官邸秘书处委任的陈立廷，陈便抄近路直接呈给孔祥熙，孔很快就批了准许下来。
当时，孔祥熙把中央银行完全看成是他私人的帐房，孔公馆（包括香港浅水湾的公馆）的开支，连草纸、肥皂都是银行付帐。孔家的汽车供应，全部由银行担任。除孔本人以外，宋蔼龄、孔令仪、孔令俊（即有名的孔二小姐）各人都有专用车。因中央银行从来没有预决算制度，这样孔才能用之不尽，取之无度。同时中央银行从来没有人员编制和定额制度；副局长、副处长可以任意增添。有一次行政院办理侍从室转来一件公函，内容是有人联名提议，要求蒋介石派人检查中央银行帐目。孔一见大为震怒，并猜出大概是宋子文的意见。孔祥熙当时歇斯底里地大声说：“他大概是发疯了，要来查我的帐户后来也就再没人说了。
在抗日战争中，孔祥熙大发“国难财”的另一手段即走私。1937年国民党政府匆忙由淞沪、南京撤退后，把国内吞吐物资的最大港口上海丢失。于是其后唯一能作通道的，就只有香港--广州一线了。尽管英国人采取绥靖政策并受到日本的压力，但因香港与广州是唇齿相依的关系，港英当局不得不在可能的范围内给予中国内地一些方便。但如果由中国交通部门公开在香港办理接运手续又不行，因此暂许中国的一些机构改头换面，在香港进行半公开的活动。于是孔、宋豪门资本与军统特务正好利用这个机会，在香港设立了军事委员会西南物资运输处和中央信托局运输处，开始大量的走私活动。
西南物资运输处，当时对外称西南运输公司，总经理是宋子文的二弟宋子良，下设业务处、购料委员会、秘书处、警卫处等机构。当时警卫处实际是军统局直接控制的派驻香港机构。西南运输公司成立后，机构庞大，业务广泛，运输繁忙。尤其是广州于1938年秋沦陷后，广九、粤汉铁路交通断绝，运输更为困难。虽然香港往桂林、重庆有飞机来往，但旅客往来以及中央银行运送钞票的任务，已经是忙不过来了，对于大规模物资运输，以及众豪门的走私货物，必然要另谋出路。于是只得与越南商谈，开辟一条经过海防、镇南关到桂林的公路，以及海防到昆明的滇越铁路。以后又开辟了缅甸到云南的公路。这些交通命脉，当时在西南运输处的控制下，孔家虽然也能装运一些私货，但毕竟有些碍手碍脚。于是，孔家决定在中央信托局也成立一个运输处，以便于更好走私。这样一来，又与宋子文及其二弟宋子良发生了矛盾。