苏辰首先改革的就是军队，军队是他的立身之本，军队最主要的莫过于统兵之权和调兵之权，以现如今的军制，将领既有统兵之权，又有调兵之权，虽然能够在战时更加高效，可长此以往，必定会产生尾大不掉的局面。
尤其是他现在掌握四州之地，地盘横跨大汉朝南北，他如果长期在涿郡，对于江东之地鞭长莫及，久而久之，对这地方的控制力就会减弱，说得具体点，如果周瑜和孙策二人合谋，占领江东自立，他恐怕并不能在第一时间快速做出反应，尤其是孙家在江东也有不少底蕴，这个结果他不能不防。
对于历史上分开统兵权和调兵权的例子他知道的不多，唯独两人比较出名，一个是赵匡胤，另一个就是朱元璋了，明朝的案例值得他效仿。
所以他召集三大谋士商议：“今日召集三位先生，实则是为了商量一件大事，那就是改革军制，准确地说就是将统兵权和调兵权分开，具体的章程寡人已经写在了上面，你们三人先看一看，然后咱们再讨论讨论。”
苏辰一上来就抛出一个重磅炸弹，把三人炸得晕晕的，郭嘉本来当场就要反驳，可听到他如此说，也耐着性子仔细阅读起来。
苏辰的办法说简单也简单，他准备在各州设立都督府，都督府分别有大都督一人，副都督两人，都督府统帅州郡所有士兵，负责日常军队建设，包括招募新兵、训练士卒等等。
当然，这也是建立在府兵制度的基础上，他准备在每个郡设立一个折冲府，由折冲都尉担任主官，凡是年满十八岁的男丁，由各地的折冲府遴选，每家每户至少出一名府兵（如果没有成年男子则不用），府兵农闲时训练，农忙时耕种，每年至少要参加三个月的日常训练。
成为府兵的农户每年可以减免一定的赋税，具体数量再议，如果在训练中立下功劳，还可以授予一定数量的军功田，府兵的数量根据不同州郡的情况略有不同。
折冲府在每个县设立一个军府，由一名司马或者军侯负责训练，折冲都尉只有训练士兵的权利。
除了折冲府之外，每个郡设立一个鹰扬卫，鹰扬卫掌管所有的郡兵和县兵，鹰扬卫的主官为校尉，每个鹰扬卫的士兵数量根据不同州郡不一样，由都督府核准。
折冲府和鹰扬卫都归属都督府管辖，折冲府鹰扬卫甚至是都督府都只有统兵权而没有调兵权，调兵权归属于军机处，军机处设立六位军机大臣，为首者为军师，分别是左右军师，其余四人为参军，军机处直接归属于苏辰领导，每逢战事，由军机处给各个都督府直接下达调兵令，没有军机处调令，都督府不能调动一兵一卒，军官的铨叙之权也归于军机处。
看完了苏辰写出来的军制改革，三人表情各有不同，郭嘉率先问出了自己的疑惑：“主公，如果敌军来袭，而鹰扬卫和都督府都没有调兵之权，岂不是任由敌军攻城，如此一来，就像是给我军捆上了镣铐，若是照此施行下去，怕是不妥。”