不过，朱由检南迁后，因实行军事改革，把湖广化为了一个战区，也就升了何腾蛟为总督，堵胤锡做了巡抚，按照朱由检的军事改制，巡抚听命于总督，但朱由检为制衡总督，仍旧命令巡抚有专奏之权，只是行政从属于总督而已。
朱由检打开奏疏一看，却是何腾蛟和堵胤锡分别关于湖广目前状况的建议，尤其是在听闻闯军有意归附朝廷后，这督抚二人居然就湖广接下来的战略有了不同的见解。
湖广总督何腾蛟对闯军采取不欢迎的态度，且在奏疏上说，与其招抚闯军，不如趁左军现在已无反制之力，宽宥其罪，招抚左军，毕竟左军曾经也是官军，比闯军可靠。
而湖广巡抚堵胤锡则极力建言迅速招抚闯军为己所用，毋被清军所趁，且言明眼下闯军还尚有战力，稍加利用便可抵制建奴南下，为朝廷赢得喘息之机。
朱由检看了以后便让史可法看了看：“你觉得何腾蛟和堵胤锡谁的建议更合适？”
史可法知道朝廷已经定了朱由检要招抚闯军的事，自然不会说招抚闯军不对，来驳皇帝陛下的面子，便笑道：“以微臣看，都合适，陛下说过眼下我大明的主要威胁是清军，而今清军又步步紧逼，留给我大明的时日不多，既然闯军可招抚，左军也可招抚，尽可能的保留有生力量，合力抗清，应是最好的选择。”
朱由检笑了笑：“若是左良玉没有起兵，否则我近卫军没有调兵前去，朕可以考虑你的建言，但现在朕是箭在弦上不得不发，他左军必须承受朝廷的打击，敢在危急时造朝廷的反，这才是真正的罪不可赦，完全没有顾忌整个华夏大局，人家闯军尚能因清军南下归附大明，而左良玉却没这觉悟；再加上这左军除了害民耗粮还有何用处，朕灭了他还能收回一些湖广民心，有何不可。”
朱由检说毕，便对史可法吩咐道：“大元帅府先下道旨意革除何腾蛟湖广总督之位，并传旨给内阁，升何腾蛟为礼部尚书，加东阁大学士，太子太保，命其回京入阁办事，此人在湖广与左军相处太近，既未阻止左军之乱也未从逆，太过圆滑，私心过重，不适合做封疆大吏，将他明升暗降或许会更好。”
“陛下英明”，史可法回了一句，便又问道：“那堵胤锡呢？”
“着大元帅府下令，堵胤锡接替何腾蛟总督湖广、贵州军政，命内阁拟旨，加其兵部左侍郎太子少傅，赐从一品冠带，全面负责招抚闯军余部一事，李岩可直接下旨授予湖广巡抚之职，加兵部右侍郎衔，负责荆州、襄阳、黄州各府防虏事宜！”
朱由检说完便坐了下来，从陈圆圆手里接过一杯茶来，一边喝着一边笑了起来：“堵胤锡这道奏疏上的及时，朕正愁没有积极招抚闯军的合适人选，既然他有意，朕就成全他，派人传密旨给他，湖广可丢，但这数十万闯军不可丢，未来守两广、贵州等地还得靠这支军队。”
“陛下虑得真远，现在战事还不过在湖广与河南，哪里就虑到两广、贵州”，史可法说道。
“考虑远点好些，眼下这局势谁能预料！”