崇祯十九年关于军务的大事除了海军编练与战船打造外，便是近卫军第四军的整编与整训工作。
黄得功与袁继咸部的二十余万大军除部分补充进近卫军第一军、第二军、第三军外，还有部分按其自愿原则裁撤掉，而裁撤掉的官兵则由兵部统一转业到地方担任江南、江北等地担任基层里正到县令等官。
而近卫军第一军、第二军、第三军的部分官兵则调任第四军充任军官，第四军翁正春、李时春等将领和一批中下层军官则调回南京做大明陆军中央军校的学员，接受近代化军事训练与热兵器战争指挥训练。
朱由检将以前的淮安讲武堂重新变革成了大明陆军中央军校，且也设在了南京。
而与此同时，周遇吉、刘芳亮、何新甚至是刘肇基、刘希尧、秦邦屏乃至顾炎武、郑成功、阎应元等军官都按照朱由检的旨意，根据历次利用火器与火炮作战的经验开始编练火器与火炮战阵的作战指挥课程以及改进建议。
与此同时，刘肇基、刘希尧、刘迁、陈子龙、焦琏等近卫军第一二三军的部分副总兵到指挥使武官则充任教官，亲自教授翁正淳、李时春等将领。
由御马监掌印太监兼近卫军第二军总兵官何新担任大明陆军中央军校祭酒（校长）一职。
御马监掌印太监乃内廷里除司礼监掌印与秉笔太监外的第三号人物，也是内廷中军界最高的官员，搁在外朝就相当于兵部尚书，因而由何新担任祭酒，也不怕这些学员与教官不服。
教官们都是如今大明新崛起的将星，且刚立下战胜鞑子的大功，其中更有陈子龙的大才子和刘肇基这样的百战老将。
即便翁正春和李时春等人既是黄得功与袁继咸的心腹又立下过大功，倒也不敢对教官不服。
一年的时间里将近卫军第四军整训与整编完毕自然是绰绰有余，等到年底之时，近卫军第四军的基层军官大部分已由近卫军第一二三军的官兵充任，而昔日近卫军第四军的武官则在大明陆军中央军校接受训练后则调任到近卫军第一二三军担任军官。
这样一来，黄得功与袁继咸的近卫军第四军已全部脱胎为朱由检的大元帅府可直接控制的朝廷兵马，而不再是黄得功与袁继咸的私兵。
在崇祯十九年年初，没有被朱由检直接控制的军队则只有黄得功与袁继咸的近卫军第四军以及灭虏军和高杰的近卫军第五军。
朱由检没有打算一开始将这三支兵马全部进行整编，这样容易一下子激起大变，高杰与灭虏军的各部将领可以接受招抚，接受整编而导致失去军权自然是不愿意的。
因而崇祯朱由检只先对黄得功与袁继咸的近卫军第四军进行了整编。
黄得功与袁继咸都是从大明的元老级官员，对于朱由检控制军权没有意见，也没有失去军权的后顾之忧，更何况他们也知道如今作为皇帝的朱由检自己手握有大明战斗力最强的陆军，他们自然也不敢再违背圣意。
再加上两人也不是有野心的人。
整编近卫军第四军的进程毕竟顺利，等到崇祯十九年底，崇祯朱由检的大元帅府便控制有六个具备近代陆军规格的集团军。