在这之后，宇智波止水在鼬的面前自尽了，并且把眼睛托付给了这个族中他最亲近的人，和他预想的一样，这次政变因为他的死去后宣告终结。
但宇智波富岳知道这件事并不会结束，因为宇智波一族始终像一根肉中刺一样钉在木叶村中，这根刺对于历代火影来说都是必须要拔出的东西，现在不拔只不过还不到时候罢了。
猿飞日斩看似遵守了承诺，并没下令剿灭宇智波一族，但木叶高层对他们一族的打压却从未停止过，如此下去宇智波一族只会越来越衰弱，最后沦为极为弱小的族群，到时日斩就会以随便一个什么借口，将其连根拔掉！
但他没有办法，止水的死去让族中失去了唯一一位影级别的忍者，此时的宇智波一族是木叶建立以来最为衰弱之时，根本没有力量政变，因此他决定隐忍，等待鼬成长起来。
宇智波鼬在亲眼目睹止水死去后，开启了万花筒写轮眼，在两年后实力已经不输于当年的止水，达到了影的级别。
如今的木叶村紫猿飞日斩和志村团藏的通力配合下空前鼎盛，日斩以宽容、缓和的态度度安抚，而团藏却在黑暗的深处打压，在他们的怀柔政策与威逼利诱不断压迫下，宇智波一族逐步衰弱，族人此时都明白宇智波灭族只是或早或晚的事。
因此，如今只有政变一途！
而这时，拔掉这根刺对于时任三代目火影的猿飞日斩来说也是再合适不过的时机！
在政变之前双方都使出浑身解数，猿飞日斩表面上仍想以和平的方式解决这次事件，他告诉鼬为自己争取一些时间，而志村团藏却暗地里找到了鼬，让他出手灭掉宇智波一族，作为交换可以在政变后保住他和弟弟宇智波佐助的性命。
宇智波鼬的看法和止水一样，他认为政变并不能拯救宇智波一族，恰恰相反，只会让“宇智波”三字更加万劫不覆，他将自己双面间谍的身份告知了父亲。
在得知得不到鼬支持的宇智波富岳明白，这场政变已经必败无疑！
可这时已经没有办法收手，为今之计只有尽最大的可能争取留下宇智波的血脉。
宇智波鼬具有双面间谍的身份，木叶村不会马上对他动手，至于宇智波佐助尚且是一个几岁的孩子，根本没有威胁。
为了避免骨肉相残，富岳自愿和妻子宇智波美琴一起被鼬杀死。
在当天夜里，宇智波鼬联合宇智波带土一同出手，将宇智波灭族！
宇智波一族只剩下鼬、佐助和带土三人，此时带土受到宇智波斑思想的影响，对宗族没有半点感情可言。
表面上这次灭族行动最大的受益者是获得了许多写轮眼团藏和宇智波带土，可实际上宇智波灭族也解决了困扰了历代火影数十年的难题。