当武宗的灭佛运动打击到摩尼教的时候，一部分教徒逃亡到了当时藩镇割据的东南沿海地区，并转入了地下并借机彻底本土化，以明教的身份重新出现。
而明教也分成了两部分，少数的上层僧侣依托于佛道而生存，因为宋朝信奉道教的缘故，他们就称摩尼是老子的学生，因此作为道教的附庸获得了宋朝的许可与包容。
但大部分的明教徒融入了民间，并逐渐与下层民众的反抗活动结合在一起发挥其追求光明，发挥其追求光明，善良，简朴，友爱的道德观念，并宣称光明必将战胜黑暗。
同时，这一宗教还扎根民间，关心民生疾苦，扶危济困。凡是信仰明教的人吃菜不吃肉，教徒之间某人有事则会相互帮助，甚至还会修桥铺路，并在信众遇到官司纠纷时提供帮助。
这一时代的明教已经不像摩尼教那样悲观，激进，并基本本土化。同时在偶像崇拜，祭品，葬礼等方面都尽力向佛教和道教靠拢。
可惜的是，因为这一宗教崇尚光明的教育和在民间巨大的声望被当时的统治者和士大夫，僧人，道士所不容。他们污蔑明教为魔教，吃菜事魔加以严酷镇压。
这么一来，部分教徒就开始走向激进化，比如说方腊起义。再比如南宋时期各种各样的起义，而当时间到了元朝末年的时候，红巾军大起义中更是充满了明教信徒。
比如说红巾军的口号就是白莲花开，明王出世，弥勒降生。同时起义头领韩林儿就自命为小明王。至于红巾军用来做标识的红巾，实际上就是二百多年前方腊起事时所用过的。
甚至最后建立了明朝的朱元璋就曾经是一位明教徒，不过为了争取江南地区士大夫的支持，他背叛了自己曾经的信仰和忠诚，比如说在对张士诚檄文中就明确抛弃了白莲教和明教。
除此之外，他还在派遣廖永忠接应小明王韩林儿来应天的时候，在瓜洲渡故意将船凿沉韩林儿沉江而死。
不过即便如此，因为手下大部分都是红巾军和明教中人，朱元璋为了迎合民众对明王出世的殷切盼望，选择将大明定为国号。
这个名字一方面表示了自己继承了小明王的合法地位，另一方面则表示明王已经出世，防止后来者利用明教来反对明朝。
而且在明朝建立之后，除了大明这个国号以外，明教的一切都被禁止，按照《大明律》的记载，凡是传播明教者要被判处绞刑，从犯杖100，流3000里。
所以从那以后，这个宗教被全面的禁绝，甚至后来的官方文献中几乎找不到任何和明教有关的记载。
但这并不代表这一极有生命力的民间宗教消失了，因为在梁恩找到的这些碎片中除了之前那个和明教有关的教义以外，还找到了一片刻着年号的石块碎片：龙凤一百四十二年。
龙凤是当年小明王韩林儿的年号，但终止于龙凤十二年。如果按照单纯的时间来算，所谓的龙凤一百四十二年该就是明孝宗弘治十年，公元1497年。
“从现在找到的这些线索来看，这个地方应该是一处隐秘的明教寺院。”把这几片至关重要的石碑碎片上的文字综合在一起后，梁恩向在边上好奇的看着他工作的同伴们说道。
“只不过他们最终还是被发现，并在一场战斗后彻底的覆灭了，只剩下咱们看见的这一片位于山峰之上的残骸。”