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1496年上半年内，阿拉贡军队共8000人在拉古来特地区登陆，并开始驻防。斐迪南才不会走历史上的老路，他杀气腾腾地恐吓突尼斯人，迫使他们同意为西班牙军队提供补给。既然他们答应，西班牙军队也将很厚道地提供军费总额15%的补偿金。
战争和谈判进行期间，西班牙挟持国王，发号施令，并扩大控制范围。3月，西班牙军队在比塞大强行登陆，4月又占领安纳巴和的黎波里。
5月6日，西班牙2000人在杰尔巴岛大举登陆。这个岛此时还是人烟稀少、风平浪静之地，不是那个几十年后的海盗云集，让西班牙久攻不克、伤亡惨重的伤心埋骨地。
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谈判中，西班牙提出大量无理要求，突尼斯国王表达了抗议，然而西班牙谈判代表毫无愧疚之色，反而斥责突尼斯放纵其官僚和民众对西班牙的敌视态度和敌对行为，致使友邦惊诧、影响极坏。
反过来，西班牙逼迫突尼斯承认西班牙军队控制的占领区，并在的黎波里自行成立了“租界”以经营商贸。
有鉴于老爸的悲惨死亡（被阿拉贡人活活吓死），新国王只能在屈辱的和约上签了字。
《拉古来特条约》于1496年7月12日签署，共13款，主要内容是：
宣布结束战争。两国关系由战争状态进入和平状态。
两国各自释放对方军民。
突尼斯政府开放安纳巴、比塞大、拉古来特三处为通商口岸，准许阿拉贡（条约称“西班牙”）派驻领事，准许西商及其家属自由居住。
割地。割杰尔巴岛、加贝斯湾和的黎波里塔尼亚给阿拉贡，西军撤出突尼斯城、安纳巴、比塞大等处城市和港口。但突尼斯将拉古来特的一片面积60平方千米的土地划为西班牙军队永久驻防地。
作为“补偿”，西班牙把突尼斯供应物资的补偿金比例，“勉为其难”地提高到了45%这样一个“负担沉重”的数字，突尼斯国王“十分感激”，并“非常热情地邀请”西班牙顾问丰塞卡（丰塞卡家族的另一位成员）帮助管理他们的海关，西班牙公务员也开始“帮助”突尼斯人，把他们的海关打理得井井有条。
西商进出口货物缴纳的税款，突尼斯须与西班牙商定；突尼斯的关税自主权开始丧失……
自然地，西班牙商品的关税有百分之五这样一个很优惠的价格。当然，肥羊不能宰得太瘦，西班牙人建议突尼斯人，把突尼斯对其他国家的普遍进口税率先从15%提高到25％，又提高到50%……进而，突尼斯的商品市场完全被西班牙垄断了！
撒丁岛的近代化棉纺织工厂，出产大量的优质棉布，这些棉布在撒丁岛内部进行消化后，又供应军队，制作军装、棉被、帐篷等，这些产品接着进入阿拉贡、西西里。然后是卡斯蒂利亚。向欧洲各国也有销售。
这给斐迪南带来不少利润，不过海外市场也能带来丰厚的利润，而且也能对防止泄密起到一定作用（聊胜于无吧）。
突尼斯等地，本就不是手工业发达的地方，要从欧洲、中东进口。很快，撒丁岛的大量棉布棉纱充斥突尼斯市场，男子和妇女的长袍，妇女的面纱等，都可以打上“madeinspain”的标识了。
两国民间诉讼之事，西商归西班牙自理；突尼斯的司法主权开始受到侵害。
《拉古来特条约》中，西班牙在突尼斯获得的这种领事裁判权，这让基督徒扬眉吐气，巩固了西班牙的宗主权。除了商业倾销，西班牙教会也派出大批教士，在突尼斯、比塞大、安纳巴、的黎波里、加贝斯各地建立教堂，推进传教事业，在西班牙割地和租界以内，通过强制和半强制手段，许多突尼斯人皈依了基督教。
尽管和平教在北非并不会阻止西班牙对北非的统治，而在一定阶段，稳定的和平教居民还是有利于西班牙的稳定统治，但在一部分地区推行基督教的尝试还是要进行。如果五十年后，能够将整个西北非基督教化，那就最好不过。五十年不够，还可以花一百年来推行……
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回到1495年底，对于当时的斐迪南来说，此事尚是后话。他还在致力于一些技术研究……