《魔法少女小圆》的第三话，确实只是一个开始。
接下来一连好几周，剧情不断神展开。
先是沙耶香成为魔法少女，接着魔法少女和灵魂宝石的本质被揭开，成为魔法少女不但要面临生命上的危险，甚至都不再是一个正常的人，灵魂被封存在灵魂宝石之中，成为宛如僵尸一般的存在。
再之后，沙耶香喜欢了很久，甚至为之许愿的青梅竹马上条恭介跟她的好姬友志筑仁美在一起了，加上其他方面的一些问题，导致沙耶香黑化，从魔法少女变成魔女。
魔法少女与魔女同源，又是震惊观众的一个地方。
动画播到七八话的时候，已经凭着一个又一个神展开加上无比精良的制作、或感人或虐心的剧情，人气更上一层楼，从超人气动画上升到现象级动画。
论坛上相关的主题数量和发言数也破了《凉宫春日的忧郁》创下的记录，成为动画史上被讨论得最多的动画。
往后，比较晚出场的人气角色朝仓杏子跟沙耶香黑化之后变成的人鱼魔女同归于尽。
第十话则来了个神回，讲述晓美焰为了拯救女主鹿目圆，一次又一次地轮回的故事，将前面埋下的许多坑都给添上了，同时让晓美焰这个角色的人气暴涨。
最后的两话则是对付最终大boss魔女之夜。
魔女之夜非常强，加上晓美焰一次又一次地轮回，导致魔女之夜的力量也跟着不断增强。
只凭借晓美焰一个魔法少女，根本不是魔女之夜的对手。
关键时刻，女主鹿目圆向丘比许下愿望，要把所有的魔女在诞生之前消灭。
这个愿望太过强大，超出了时间的范畴，是对因果律的反逆，一般来说这样的愿望是行不通的，但偏偏晓美焰一次又一次的轮回，在导致魔女之夜力量增强的同时，也强化了女主鹿目圆的资质，导致一切都变得有可能起来。
最终的结果是，愿望被实现，因果律被反逆，宇宙规则被改写，女主变成“圆环之理”，变成神一般的存在。
因为所有的魔女都在诞生之前被消灭了，过去的一切自然也被改变，就比如学姐巴麻美，原先是死在点心魔女口中的，没了魔女，巴麻美自然就不会死。
杏子是跟变成了人鱼魔女的沙耶香同归于尽的，人鱼魔女刚诞生就被消灭，所以杏子同样不会死。
只有沙耶香，本身就是自己黑化的，有上条恭介在，也不可能改变黑化的命运，没办法活下来，女主作为圆环之理，只能将她接走，将其变成圆环之理的一部分。
圆环之理诞生的新世界，除了晓美焰，再也没有人记得女主鹿目圆。
结局对观众来说，意料之外，又在情理之中。
当最后一话播完，毫无疑问就是一部新的神作诞生。
观众们在感到怅然若失的同时，纷纷忍不住惊叹了起来：
“从《clannad》到《化物语》、《轻音少女》、《伪物语》再到现在的《魔法少女小圆》，每做完一部动画就是一部神作诞生，富坚老师是真的厉害。”