当然，使用空天飞机改造成为深空运输机，也是有着自己的缺陷，首先自然是运输能力方面，和真正的宇宙飞船一次性可以运输一万甚至是几万几十万吨的货物，超大型空天飞机，就算是在改造后，其运输能力，一次最大也只能运输五千吨左右的物资。
同时，在速度方面，本来，空天飞机，相比起现在的人类文明其他宇宙飞行器来，已经有些慢了，最大速度，只有不到每秒130公里而已，而改造后的速度，最大也只能达到每秒不到八十公里而已，如果满载货物的话，其速度将会更慢，只能达到每秒三十多公里而已。
不过，作为一架专门运输货物的运输机来说，这样的速度，也并不是不行。
最后就是机身强度了，毕竟这款空天飞机的机身，原本只是为了空天飞行器而设计的，最大起飞重量，也就一千来吨而已，所以其机身强度并不需要和宇宙飞船一样，所以就算是在机身机壳进行了大幅度的加强后，飞机的强度，也是无法和真正的宇宙飞船相比的，甚至就算是和宇宙战机比起来，也略有不如，就算是加上外挂装甲，也还是无法相比的。
最后就是抗打击能力了，毕竟在小行星带飞行，是很容易碰到体积微小的小行星的，而这些小行星，可都是有能力，对原来没有改造之前超大型空天飞机，造成致命的伤害的，不过在改造过后，根据王彬他们的技术，至少十公分以下的小行星，已经无法对其造成威胁了，这也是为什么王彬他们认为这是现如今最合适的办法了。
经过了个小时的讨论后，最终，指挥中心这边决定使用第三个方案，也就是对现有的超大型空天飞机，进行改造，使其具备太阳系内部远距离运输能力。
本来，大家还在考虑，是否去掉空天飞机的机翼，毕竟机翼的体积不小，在小行星带中，飞行的话，很容易被小行星给撞击，但是最终并没有去掉机翼，因为根据计算，一旦空天飞机，去掉机翼的话，那么飞机机身的强度，就会大幅度的下降。
最重要的是，就算是改造后，这款空天飞机，虽然已经无法再在像地球这样强度引力的星球上进行起降，但是在月球这样引力的星球上，进行起降还是可以的。
所以，最终这个提议被否决了。