相对于北京朝廷来说，南京六部实乃清闲衙门，除了管理兵事的兵部以外，其他各部门平素里没有多少事情，原为官员们养老所在，所以部门官吏缺额严重。
而要把整个朝廷搭建起来，像北京朝廷那样，给各个部门配置相应官吏，实乃一项复杂的工程，并非一日之功。
对于如何组建朝廷，崇祯自然心中有了主意，这些天来，他日思夜虑考虑的就是这些事情。
崇祯当朝下旨，加兵部尚书史可法为东阁大学士，加原淮扬巡抚路振飞为武英殿大学士，加原礼部侍郎王铎为东阁大学士组建内阁。
在这三人中，史可法原本就官位最高，又经受住了福王之乱的考验深得崇祯信任，自然是内阁首辅。
路振飞原来只是右佥都御史衔，四品官。但其接驾有功治理淮安有方，更兼抵挡住了闯贼的进攻，其能力很受崇祯信赖，特升其为左副都御使，入阁辅政。
王铎原本就是崇祯朝翰林学士、礼部侍郎，崇祯十四年因父丧辞官，是崇祯朝的老人，入阁也是理所当然。
钱谦益虽然在福王之乱中起到了推波助澜的作用，但因其迷途知返，在平南军攻城时运筹献出内外城门，立下了大功，陈越也在奏章中为其说了话，崇祯对他以前的行为既往不咎，封其礼部尚书，以黄道周为礼部左侍郎，右侍郎暂时空缺。
在福王登基时，南京大部分官员最终都摄于兵威选择了屈服，若是按照崇祯心意，这些人一个都不用，可是若这样的话，南京大半官员都得驱逐出朝，将陷于无人可用之境地。为了迅速稳定局势，崇祯只能忍下这口气，既往不咎。
以张慎言为吏部尚书，侍郎由杨廷麟担任。
高宏图为户部尚书，侍郎王寅。王寅虽然深受崇祯心中，到底只有举人的身份，没有什么资历可言，一下子把拔为正三品户部侍郎已经是破格再破格了。
以何应瑞为工部尚书，高倬为工部侍郎。
以姜曰广为詹事府詹事，李青为大理寺卿，老臣葛寅亮为太常寺卿。
以刘宗周为左都御史，李沾为右都御使。
如此，算是把朝廷六部初步组建起来，至于其他官员的任命，则按照惯例三品以下有内阁提议经吏部核准，报由皇帝下旨。三品以上官员则由廷推产生。
在朝堂上，陈越只是以平南侯讨逆大将军的身份临朝，朝政大事，官员的任免没有他插嘴的余地。陈越也不愿多管，只是站在班列中闭目养神，对众臣的争执充耳不闻。
早朝一直持续到中午方才结束，六部九卿之正副官员人选都有了结果。当退朝之后，陈越长叹口气，感觉腿都站麻了，也不知道那些看起来老态龙钟摇摇欲坠的文官们为何精力能如此旺盛，一个个还一副意犹未尽的模样。
下朝之后，群臣按照官职鱼贯退出，陈越正要离开皇宫时，秉笔太监韩赞周叫住了他，说是皇上宣他陪吃午膳。崇祯请吃午饭啊？陈越点点头，摸了摸饥肠辘辘的肚子，跟着韩赞周往后宫而去。