宣布胜利，并不意味着此战中暴露出来的问题就过去了。尤其是杨国昌等老军官在对待航空作战上的失误，最后时刻面对数倍日机时的不冷静，引发海军内部的强烈地震。在舰队回到基隆的当夜，23舰队司令杨国昌，参谋长林若盛均被解职，随后被调往海军大学，虽然没有降级，但也意味着两人的海军一线生涯到此结束。同时台湾海军守备司令，参谋等十几名高级军官也被解职。四川号更是接受到开战以来的最严厉处罚，因为在吃到四枚鱼雷和五枚炸弹后，四川号来还有希望挽救，但损管却出现严重疏漏，在夜晚风浪加大后没有采取加固措施，导致航母翻覆，所以包括舰长、负责损失管理的军官等二十五人被逮捕送交军事法庭。
与世界各国海军一样，民国海军也有战列舰派和航母派，甚至因为当年的青岛海战，还多出了潜艇派。但琉球海战后，战列舰派和潜艇派都意识到航母成为主力已经不可阻挡，于是一批年富力强的新生代航空派军官开始崭露头角。针对飞行员汇报，闪电明明技术占优，但大家却很不适应的问题，海军也积极应对。在统计后发现，此次损失绝大部分都是因为不熟悉日军的作战方式和零式战斗机超强的小半径盘旋能力，很多飞行员都用对付西线苏联空军的方法去打灵活性很强的零战，而一直被用于模拟零战的厉风在盘旋和垂直能力上都不如机体更轻的零战，所以第二天海军部就下发调令，将章鹏、雷少保和刘宇等几名优秀飞行员调回海军航空兵学院，向大家传授对付零战和日军舰的方法。
“不能推迟关岛战役！”
面对海军希望将偷袭关岛的时间推迟的想法，杨秋狠狠地一拍桌子：“不就丢了一艘航母吗？就把你陈绍宽吓死了？山五十六才几艘航母？有什么担心的。土和东南沿海的安全不用你操心。我只要关岛。马里亚纳和西南太平洋！就算全打光，也要拿下来！”
总统府内，杨秋的脸色也不好，这番怒火与其说是教训海军，不如说一大半是在说自己。因为现在想来，其实不应该派23舰队执行琉球海战的任务，就算留下凤翔和瑞风号，两艘轻型航母也不会构成多大威胁。陈绍宽和海军其实是代他受过。因为派23舰队去是他决定的，海军只是尽职的执行总统的作战计划。才使得23舰队两艘航母一死一伤，也导致偷袭关岛的计划将缺失了重要空中力量。这也是典型地外行指挥内行的战役，因为他除了知道航母是未来霸主外，连航母起降怎么安排都不懂，更别提零式战斗机的弱点这些专业问题了。
陈绍宽被骂后脸色铁青。垂头坐在边上不说话。王正廷在杨秋身边时间最长，看出他其实是自责，只是这种场合下还是要照顾总统的面子，所以主动插嘴缓和气氛：“厚甫，你也别生气，总统要是不支持你们海军，早几年就不会挤出牙缝拨款造那么多军舰。”见到陈绍宽脸色稍有缓和。他继续问道：“对了，我记得36年海军计划时就开工四艘辽宁级，38年补充计划补充六艘，去年对苏宣战后又增加六艘。怎么一点周旋余地都没有呢？”
“36年的四艘我们是按照常规建造速度要求船厂的，速度慢却可以节约成。前四艘中，辽宁号在印度洋舰队，二号舰安东号已经交付第二舰队开始海试。三号广东和四号广西的舾装都接近完工。”陈绍宽介绍道：“38年的六艘建造速度比较快，但大部分也都才下水舾装。开战后的六艘有半数还没铺龙骨呢，所以我手里现在只有五艘能打的舰队航母和四艘护航航母。印度舰队的三艘不能动，那是准备打安达曼群岛和缅甸用的，还要策应波斯湾、防止德意进军苏伊士运河。第一舰队的两艘北海已经去基隆，第二舰队的安东号还没形成战斗力。除这些外，第二批六艘护航航母已经改造过半，最快月底就能交付一艘。不过护航航母速度慢，就算现在出发去也要十天后才能到关岛。”
听完介绍后，职官员才明白，海军不是缺航母，而是恰好处于一个空档期。毕竟从1936年至今，就已经有十几艘舰队航母陆续开工，所以陈绍宽才想将关岛战役推迟到十月。空军司令贺宁想想说道：“厚甫，我有个想法。辽宁号服役至今也没听说有什么设计缺陷和故障，你不如立刻结束海试，将贵州号的第六航空大队调上去。这样既能把安东号立刻拉出来，也能确保战斗力。再把四川号的第五航空大队加强给两艘护航航母，凑三艘先去支援关岛。只要机场拿下来，我立刻派两个天权大队支援你。天权的航程应该可以稳住整个群岛的形势，对海进攻也可以用轰炸机和俯冲机配合。只要守到年底，你也有七八艘航母可以用了。”