杨秀清一向看不起韦昌辉，认为韦昌辉不过是家里有钱，在太平军最困难的时候倾尽家财资助太平军，才取得了如今的地位。
太平军早期，韦昌辉没有什么战功，负责太平军的后勤事宜，依附于西王萧朝贵。萧朝贵借天兄下凡，逼迫洪秀全承认韦昌辉为天父之子。
1854年，韦昌辉的部将张子朋受命率军援鄂，需要水营拨给战船。水营一向以东王部下自居，看张子朋是北王的人，便怠慢了张子朋。
张子朋大怒，殴打水营士兵，激起水营兵变。水营主帅唐正财不能弹压，杨秀清亲自出面才留住水营官兵。
为此，杨秀清杖责韦昌辉数百，杖责张子朋一千。韦昌辉被打得奄奄一息，躺在床上不能动弹。
韦昌辉属下有个裨将为此而抱怨杨秀清，但韦昌辉为了讨好杨秀清，竟然一怒之下杀了这个裨将，“以谢秀清。”
为了这件事，带兵在外的韦家老四-韦俊闻讯赶回天京，一心要找杨秀清拼命。就连一向老实巴交的老大韦志滨也气的把家里的东西砸了个粉碎。
堂堂北王，竟然被东王杨秀清打成这样。是可忍，孰不能忍？
但韦昌辉还是忍了下来，他知道自己得罪不起杨秀清。若韦家兄弟不识相，胆敢挑衅杨秀清，以杨秀清心狠手辣的作风，他不敢杀韦昌辉，可杀一个志俊、韦志滨可是毫无顾忌。
韦昌辉极力压制住自己兄弟，把屈辱埋在了心底。但他还是没保住自己的哥哥。
有一次，韦昌辉的亲哥哥韦志滨与杨秀清的小妾的哥哥争夺房产。小舅子告状到杨秀清那里，杨秀清怒不可遏，便放出风声来，一定要杀了韦志滨。
这韦志滨是韦昌辉的亲哥哥，在私下里可是韦家的族长。但韦志滨一向懦弱，所以韦家的事都由韦昌辉说了算。
韦昌辉听说哥哥惹怒了杨秀清，急得直跺脚。偏偏杨秀清使坏，把这桩案子甩给韦昌辉，要求韦昌辉处理。
杨秀清不是非要杀韦志滨，他明摆着是冲着韦昌辉来的呀！韦昌辉有苦说不出，最后竟然大笔一挥，判亲哥哥五马分尸。
自此以后，韦昌辉对杨秀清更加恭顺，军国大事概不插手，一丝不苟执行杨秀清的决策。
杨秀清开会布置机宜，韦昌辉毫不发言，只会夸赞杨秀清庙算无遗，自己根本想不到。又说自己没有才干，一切都仰仗杨秀清照顾。
韦昌辉谄媚到这种份上，杨秀清也对他慢慢放松了警惕，认为韦昌辉已经完全屈服于自己了。
杨秀清想不到的，韦昌辉表面顺从的背后，却是刻骨铭心的仇恨。
韦昌辉的北殿派系中，除了韦俊在外镇守武昌外，还有一员大将-燕王秦日纲。
秦日纲衙役出身，除了愚忠外，无甚将才，屡次被杨秀清凌辱。
田家镇之败后，杨秀清将主持战事的秦日纲由燕王贬为顶天燕，并下狱候审，罚没为奴。当然，他并未被真的罚作奴隶，仍旧带罪理事。
半年之后，杨秀清就将他官复原职了。这也是杨秀清的驭人手段，名将林启荣、曾钊扬、曾天皓等受过类似的处分。
但之后的“牧马人事件”，则将秦日纲彻底推向了杨秀清的对立面。
杨秀清是孤儿，自小被伯父杨庆善养大。定都天京后，杨庆善鸡犬升天，被封为国伯，俨然为天平天国的国宗之首。
有一次，杨庆善乘车出巡，路上遇到了燕王府的马夫。这马夫是个粤西老兄弟，与杨庆善很早就认识，还是老朋友。
杨庆善是国伯，和马夫已是天壤之别。这马夫正在洗涮马匹，见到杨庆善没有跪拜以示尊敬。
杨庆善大怒，当场令手下鞭打马夫两百。事后，杨庆善余怒未消，把奄奄一息的马夫送到卫国侯黄玉昆处，想让黄玉昆再加重惩罚。