随着时光流逝，《仁医》继续播放了第四小段《董卓之祸》。
董卓进入洛阳后，收服了吕布，并且依靠凉州铁骑，废除了汉少帝，把年幼的汉献帝扶持上皇位。如此的倒行逆施，立刻引发了官员集团的愤怒。然而那些官员却敢怒不敢言，他们全部都被董卓的狠辣手段给吓唬住了。
如此的政治漩涡，方仁他们肯定不想再经历一遍。于是就开始谋划出逃。可就在联络的时候，却发生了一件意外——蔡文姬的父亲蔡邕不愿意出逃。由于之前他不受朝廷重用，反而董卓掌权后，对蔡邕相当尊重。蔡邕觉得需要感恩，要维持住文人的忠义。
这一下，出逃计划就被完全打乱。蔡文姬需要照顾自己的父亲，同样不愿意离开洛阳。方仁为了寻找回归现代的办法，肯定要与蔡文姬待在一起。而范姝终于执拗了一回，她就是不愿意松口，只想留在方仁身边，作为方仁的医疗助手。
无奈之余，方仁等人就把其他人送走。分别的时候，方仁把《赤脚医生手册》的东汉版交给华佗，并且让他和弟子们一起发扬光大。众人挥泪惜别。
范桥同样陪着范母依依惜别。并且吩咐方仁，让他好好照顾范姝。要永远对自己妹妹好！话中之意，一切尽在不言中！
虽说外界已经风起云涌，但在自己的一方小天地里，方仁、蔡文姬和范姝开始了一段最快乐的日子。虽然彼此关系还没最终挑破，但已经隔着最后一层纸。
然而在某次出诊的时候，曹操却突然现身。他把方仁领到了一个秘密聚会地点，而这些人正在策划着对董卓的刺杀。他们希望方仁能够配制毒药，并且利用蔡邕的关系，想办法暗中把董卓毒杀。
正在方仁为难之时，士子领袖袁绍又出现了摇摆不定。面对袁绍的瞻前顾后，曹操发表了慷慨激昂的演讲，总算勉强说服了袁绍。
回到家以后，方仁依然在犹豫不决。他明知道，历史上的董卓是个罄竹难书的杀人恶魔。但作为医生的原则，绝不能用自己掌握的医术去杀人。
可就在左右为难的时候，曹操突然找上门。原来袁绍毫无担当，在会议后，他扔下其他人不管，鲜已经出逃洛阳，暗杀计划已经无法执行。然而为了天下苍生，曹操愿意献剑刺杀，舍身执行这个任务。
由于准备的相当匆忙，曹操的刺杀举动就被董卓怀疑。幸好他急中生智，假献剑变成了真的献出宝剑。趁着董卓还没反应过来，就急匆匆的准备逃跑。
听说曹操已经逃跑，董卓这才恍然大悟，立刻就派出追兵，并且刺伤了曹操。
曹操挣扎的逃到方仁家中，发现他已经伤口发炎，方仁用掉了最后一支消炎药。并且等到曹操稍稍康复，同样通过出诊的机会，把他送到城外。
然而曹操已经发觉不对劲。在出城的时候，可能士兵已经怀疑。为了自己的安全，他就相劝方仁一起逃跑。当方仁婉拒后，就准备把方仁杀人灭口。
方仁已经察觉到曹操的杀意。在为曹操清理伤口的时候，俩人就开始聊起了彼此的志向。当听到方仁：“夫子有教无类，吾等有医无类。愿世间岁月静好，天下再无战争。吾虽微不足道，孟德兄英雄盖世，记住这话可好？”