鲁王监国在镇江大破满清江防水师的消息，很快传到了南京，而此时洞庭水师又大掠瓜洲渡，八月间被鲁王毁坏过的一次瓜州炮台，还没修复完成又被满大壮再次破坏。
隆武三年九月下旬，鲁王与满大壮会师于南京城东的仪征县，舟船过千，大军三万，江南大震。
两军随按原定计划，趁着满清江南水师大败，清军无力与明军江上争雄的时机，沿江扫荡清军炮台，将满清江防彻底摧毁，使得明军战船可以随时进出长江。
明军随取扬中、靖江等江心沙洲为临时水寨，战船四处，一面将满清漕运切断，一面四处袭击清军薄弱之处，摧毁沿江所有炮台。
一时间，千里长江处处烽火。
明军战船机动，忽东忽西，各地清军都提心吊胆，满清将大明的南直隶改成了江南省，沿江近千里，十府三十余县，西起池州府，东至松江府都在明军的攻击范围内。
清军在江南虽然还有十三万人，但却不可能分兵把手这么多地方，那些小县也就不到千人把守，而明军水师三万众，合而击之，除了南京、扬州、镇江这样重兵驻守的大城不能打，其他小城还不指哪破哪。
江宁城内，洪承畴寝食难安，江南各州县的清官、绿营兵也睡不着觉，他们担心不知道什么时候，明军就忽然杀到城下，要了他们的脑袋。
洪承畴对此也没有对策，他之前数十年的经历，无论是对抗流贼还是满清，都是在北方，对于这种舟船作战，机动袭扰，是一头雾水，只能写信给多铎，“自八月海寇一入长江以来，江南人心浮动，今海寇二入长江，破我舟师，又招湖广逆贼来助，长江已非我大清所有。唯今之计，唯有假意议和，使贼寇退出长江，然后重整江防，望王爷务必尽早促成此事，否则朝天经略江南三载之功，尽覆东流，江南千里道服网巾，不为圣朝所有。”
千里长江，每一处都能成为明军的攻击点，洪承畴为了应对，在催促多铎的同时，只能派八旗骑兵沿江监视。
这时八旗兵多少还保持着陆上的雄风，铁蹄滚滚，在长江两岸驰骋，不过明军坐船，省时省力，八旗大爷每日跟着船跑，时间一久，屁股都磨出泡，却有些吃不消了。
明军战船沿江袭扰，快船四处出击，八旗骑兵疲于奔命，明军乘船从岸边驶过，向岸上监视的清军骑兵射箭放铳，不时进行挑衅，八旗暴跳如雷，却无可奈何，骑兵是陆上的霸王，下了水就是旱鸭子。
八旗骑兵只能拔马离开，但也不走远，像一块臭皮膏药一样紧贴着明军水师，在远处监视，他们不下水，也不让明军上岸。
值得洪承畴庆幸的是，明军水师除了摧毁江防炮台之外，并不攻打城池，这也让他更加确定了明军必然有所图谋，不过明军封锁长江这是阳谋，光明正大，就是看准了满清水师不行的弱点，洪承畴知道也没有办法。
斗转星移，时光流逝，明军对地方上的威胁，洪承畴还没解决，另一个问题又摆上了台面。
北方经济破坏，民生凋敝，山东闹起了榆园贼，京师十多万不事生产的旗人要养，明军船只堵在江面上，北上的船被堵在了镇江，南下的船被堵在了扬州，漕运已经完全断掉，满清朝廷已经下诏对他进行训斥，责令他尽快恢复漕运，就更让他这匹老马愁白了头。
十月朔，寒衣节，转眼到了立冬，江宁城也如入冬了一般，变得冷清萧条起来。
这时从城门进来一人，形象有些狼狈，正是一个多月前在铜陵被满大壮抓获的清永昌的大掌柜阎从念，他这次是被明军放回南京来。
明军进入长江，漕运被堵了大半个月，扬州、镇江的运河内，挤满了南来北往的商船，其中大半的是晋商的船。
明军在长江上活动，粮食是关键，江南一部分士绅暗中为明军提供了一批粮食，但明军三万人，消耗实在巨大，江南复明士绅这几年也比较惨，并不富裕，地主家也没多少余粮，支持的粮草有限。