最初两人都是共享药园里面的所有药草，虽然有一次唐三将所有的药草都摘走了，但是因为唐三是独孤家族的恩人和朋友，独孤博心痛，但并没有说什么。
后来唐三和独孤博商量每隔一段时间能否让自己的唐门弟子来到药园采摘一部分药材，对此独孤博并没有拒绝，毕竟这是两人共有的财产，而独孤博本人对除了能治疗家族毒素的药草并没有什么兴趣。
然而在唐三成神后，这个药园却变成了他们唐门专属的秘境，并且不是唐门的人不能进入。
因此后来在独孤博死后，其他的独孤家族成员想要从冰火两仪眼取走他们所需要的药草，反而被唐门的人赶走了。
当时独孤博的孙女独孤燕找上了唐三，想要知晓为何他们不能去自己爷爷的药园，结果唐三以独孤燕不是唐门的人没有资格进入冰火两仪眼。
这让独孤燕大怒并开始和唐三争执冰火两仪眼，本来就是他们独孤家的财产，他唐三凭什么占据！
对此，唐三的反驳是冰火两仪眼乃为他和独孤博友谊的象征，是独孤博将药园送给他的，因此冰火两仪眼已经彻底属于他唐三之物。
对此独孤燕有心想要说他根本就是在睁眼说瞎话，但是唐三毕竟是神，世间的人会听谁？一个实力强大的神还是一个可有可无的独孤家族？
所以最后独孤燕为了家族不得已让独孤家族成为唐门的一部分。
一开始还好，因为家族的人都成为了唐门弟子，因此要去冰火两仪眼取药草变得很方便了。
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可是当唐三将进入冰火两仪眼的要求提升到唯有对唐门有重大贡献的人才能前往冰火两仪眼。
独孤家族为此也开始尽心尽力为唐门付出，只为能够获得前往冰火两仪眼的名额。
然而每次被选中的人都是唐三的嫡系，没有一次给了他们独孤家族。
甚至有一次明明功劳应该属于他们独孤家族，但是昊天宗的人却硬说是他们的功劳。
而因为昊天宗本身和唐三关系匪浅，所以唐三也就将那次的名额交给了昊天宗的人。
这一举动让独孤家族彻底对唐门失望，并集体自废唐门绝学后离开唐门这个是非之地。
他们宁愿独自解决家族毒素，也不要为唐门这个只会缺失公正的宗门工作。
从此以后唐门和独孤家族再度相见之时两者都是剑拔弩张的，就如同生死仇敌一般。
现在万年过去，唐门和独孤家族的恩怨并没有那么深，最多就是彼此看对方不顺眼，互不干涉彼此。
不过这并不代表两家之间的仇恨不存在了，就拿唐雅和独孤燕然两人为例子。
唐雅心中一直觉得独孤家族就是一个喂不饱的白眼狼，明明家族毒素是唐三先祖解决的，可是你们独孤家族竟敢叛逃唐门，这就是罪大恶极！
而独孤燕然则是认为唐门的人就是一群伪君子和吸血鬼，在将他们独孤家族所有的利益榨取后，就一脚踢开他们，让他们永远地失去了自家先祖药园。
所以每当唐雅和独孤燕然见面，两人避免不了一番口争，并在一些琐碎小事上开始争吵，这也导致两人的关系变得水火不容。
而现在独孤燕然因为唐雅用着那如同强盗的逻辑想要坑害自家的男朋友，她心中对唐雅的鄙视到了前所未有的高度。