历史上花旗军事当局决定建立一个新的快中子反应和超武结构研究基地，这就是后来闻名于世的洛斯阿拉莫斯实验室。奥本海默凭着他的才能与智慧，以及他对于超武的深刻洞察力，被任命为洛斯阿拉莫斯实验室主任。正是由于这样一个至关重要的任命，才使他在日后赢得了花旗“超武之父”的称号。
奥本海默开始时对困难估计不足，认为只要6名物理学家和100多名工程技术人员就足够了。但实验室到1945年时，发展到拥有2000多名文职研究人员和3000多名军事人员，其中包括1000多名科学家。
鉴于大多数科学家都反对实验室的军事化，格罗夫斯同意加州大学成为洛斯阿拉莫斯名义上的管理单位和合同保证单位，基地的军队负责实验室建设、后勤供应和安全保障。这就保证了实验室内部的自由学术讨论。奥本海默鼓励科学家们大胆地讨论超武的有关科学问题，提出即使看门人的意见，也会对超武的成功有一定的帮助。奥本海默注意倾听任何人的意见，掌握着整个实验进程。有些参与核研究的物理学家后来回忆说，他们自己甚至都不如奥本海默清楚自己工作的细节和进展。在很多问题上，都是由于奥本海默的决断才取得突破，保证了超武研制时间表的执行。奥本海默在科学家、普通职工和官员中的威望越来越高。洛斯阿拉莫斯素有“诺贝尔奖获得者集中营”之誉，人们称奥本海默为这个集中营的“营长”。奥本海默没有获过诺贝尔奖，却拥有如此高的个人威望，他的才能与人格魅力由此可见一斑。
在“曼哈顿工程区”工作的15万人当中，只有12个人知道全盘的计划。其实，全体人员中很少有人知道他们是在从事制造超武的工作。例如，洛斯阿拉莫斯计算中心长时期内进行复杂的计算，但大部分工作人员不了解这些工作的实际意义。由于他们不知道工作目的，所以也就不可能使他们对工作发生真正的兴趣。后来，有一个年轻人说明了他们是在做什么样的工作。此后，这里的工作达到了，并且有许多工作人员自愿留下来加班加点。经过全体人员的艰苦努力，超武的许多技术与工程问题得到解决。
只不是现在的他们已经严重落后了。
“参谋长阁下，这并未是危言耸听，原子能的确是有这样恐怖的威力，等你具体的了解过这个计划就知道了，一旦这种武器真正的制造出来，哪怕是只要一枚，就可以炸毁一座城市。”麦克阿瑟比马蝎可是激进多了，在了解了这个东西之后他已经迫不及待的想要把他造出来了，当然他也是清楚，这玩意需要大量的人力物力，不是短时间内能马上有的。