奥姆真理教的狰狞獠牙终于暴露了出来，也让日本政府清楚了，即使奥姆真理教跟病毒的爆发没有关系，但其性质已经危害了日本政府的统治，如果继续放任其壮大，有可能造成十分恶劣的影响。
仅京都府一地奥姆真理教的武装分子就上百人，他们有ak-47甚至rpg这样的军用武器，远远强于警方的火力。而且明显他们训练有素，懂得利用地形对警察进行有效的打击，而缺少真正巷战经验的警察，却被奥姆真理教的真理军打得七零八落，已经造成了几十人的死伤，使得日本极大震动。
首相细川护熙得知了这一情况后，做出了批示：“在国土上非法聚众，并私藏军用武器，公然对警务人员进行袭击，奥姆真理教已经严重危害了国家安全和社会稳定，构成了叛乱的罪行，我日本政府必将对其进行严肃处理！”
之前奥姆真理教毕竟是在日本合法的宗教法人，具有不能够否定和侵犯的传教和发展的权力，所以政府部门也没有对其太过注意。可是京都事件以后，当日本政府开始收集奥姆真理教的各种讯息的时候，才发现自己的国家中藏了一只怎样可怕的怪物。
奥姆真理教干下了大量为非作歹的事情，包括强制关押人口，对公民的暴力侵害，甚至还与一些化学武器泄露事故有关，而随着收集来的情报越来越多，日本政府更判断奥姆真理教组建了一个规模不清楚的武装力量，真理军，其心思不言而喻，就算是普通的雅库扎暴力团也不会大量购入这些武器，而真理军的武器甚至都包括装甲车和导弹。
京都事件只是一个警钟，等于明确告诉了日本当局，奥姆真理教已经发展到了不制止就可能酿成大祸的地步了。细川护熙果断地要对奥姆真理教进行取缔，也是看出了邪教的危害。
可是，日本社会废萌化虽然还有一段时间才能出现，但战后的日本基本就是一个畸形的大社会。除了复杂的官商勾结和政治家族体系之外，不同政治派系、不同职能的机构互相之间也存在着种种的矛盾，推诿扯皮时有发生。
就在细川护熙代表政府发表声明要取缔奥姆真理教的时候，扯后腿的就出来了。日本最高裁判所（也就是最高法院），和一部分法律界知名人士，纷纷站出来指责政府的僭越，他们认为奥姆真理教的宗教法人地位是确凿的，即便是要取缔，也跟政府没有什么关系，政府没有权力空口白牙地取缔奥姆真理教，在走司法程序、进行大量听证之前，奥姆真理教仍旧是日本的合法宗教，政府无权对其进行任何行动。
这还不是最牛逼的，最牛逼的来自自卫队。
细川护熙见奥姆真理教自己建立了武装，考虑普通的警力是不可能将其拿下的，于是将这个问题抛给了自卫队。而自卫队方面根本不听首相大人的招呼，陆上幕僚长，也就是陆上自卫队的指挥官，富泽晖，拒绝执行来自首相的命令，称当前情况埃博拉病毒疫情严重，大部分陆上自卫队的自卫官处于解散状态，一时难以召集，而且就算召集也可能带来巨大的染病风险，这是对自卫官们生命的轻视和不尊重。同时，陆上自卫队也对政府的指令高度质疑，奥姆真理教的定性尚未完成，陆上自卫队不会草率地对自己的同胞平民开枪。
这一幕像极了另一个位面福岛核危机的时候，日本首相菅直人命令自卫队前往灾区执行任务，而自卫队却像火烧屁股一样地迅速撤离，反正不管政府怎么恳求，自卫队还是抗命不尊，最终熬不住，就派了两架直升机在灾区撒了点水就立即走人。
自卫队方面不是不知道奥姆真理教组建了武装力量，而且对社会的治安与稳定产生了负面的影响，可是自卫队却不敢冒着把自卫官们聚集起来进行军事行动，而增加埃博拉病毒感染机会的风险。所以自卫队能够坐视奥姆真理教打日本政府的脸，而自己不采取任何的行动。
反观奥姆真理教一边，却因为京都事件的爆发，而进入了全面的整备过程中。教主麻原彰晃特地紧急召集了几位重要的核心干部，包括高桥克也、菊地直子、赫伯茨等人，共同商量大事。