1999年3月初，叶利钦企图罢免总检察长斯库拉托夫的职务，却遭到了联邦委员会的强烈反对。为了帮叶利钦扳倒斯库拉托夫，普京披挂上阵。作为一个资深克格勃，查找证据自然是小事一桩。3月16日，俄罗斯电视台播放了一段酷似斯库拉托夫的人同妓女鬼混的录像。这就是罢免斯库拉托夫所必需的罪证，普京为此立下了一功。
处理完斯库拉托夫事件后，普京已完全成为叶利钦心目中无人能替代的角色。同年3月，普京接替博尔久扎任联邦安全会议秘书，并保留了联邦安全总局局长职务。联邦安全委员会秘书由总统任命并且直属于总统，在国安会及相关的活动中拥有广泛的权力。一人兼两要职，既可以大大加强联邦安全局的工作，又在某种程度上扩大了安全委员会落实其内部决策的可能性。这时，他实际上已成为叶利钦总统的主要盾牌。
普京担任联邦安全委员会秘书是其政治生涯的一个重大转折。此时，车臣第一次战争刚刚结束，叶利钦的任期只有一年多时间了，叶利钦长期以来身体欠佳，媒体又经常报道他酗酒失态。同时，俄罗斯的经济和社会问题丛生，政坛斗争激烈。在国外，北约绕过联合国，对南斯拉夫和科索沃发动了78天的远距离空中打击，南斯拉夫被迫从科索沃撤军。美英试图一举将俄罗斯从该维和区彻底排挤出局。
普京上任伊始，就显露出了强硬手腕。他极力拥护叶利钦的决策，主张以特殊方式解决科索沃问题。早在北约干预波黑内战时，俄罗斯的领导人叶利钦，就识破北约的军事行动是项庄舞剑，目的是将俄罗斯永远赶出巴尔干。所以，俄罗斯领导人坚决地宣布，巴尔干是俄罗斯的政治势力范围。
骄傲的美国人并没有理会他，想先下手为强，利用军队已经集结和交通之便，抢先控制整个科索沃。当北约军队兴高采烈准备进驻科索沃首府普里什蒂纳的时候，一支俄军伞兵小分队却在英军之前，在普里什蒂纳机场如神兵天降，抢占了机场。这里原来是英国的维和部队拟定设立总部的地方。消息传出，北约震惊。北约盟军总司令、美国上将克拉克命令英军夺回机场，但是英军司令杰克逊拒绝了，他说：将军，我不能为您而发动第三次世界大战。完全有理由相信，在协调这一次军事行动的时候，普京作为联邦安全委员会秘书、联邦安全局局长，当然要发挥他应有的作用。