在这段时间里还发生了一件无论是对中国还是对世界都有深远影响的大事，那就是爪哇国的动乱。虽然这个国家的独立多亏中国的支持，但是该族自古以来的反华传统还是令其国内一直暗流涌动，1961年趁着总统苏加诺出国访问、而张浩又突然病逝的机会，心底里一直坚持反华立场的多位爪哇军方高级将领在美国的暗中支持下突然发动了军事政变，试图推翻亲华的苏加诺政府。
虽然新中国早已形成了“不干涉别国内政”的传统，何况国内现在也因为张浩的突然离世而有很多事情亟待处理，因此中国赤色党的大多数高层都主张派出舰船撤侨也就算了。但胡卫东却深知爪哇一旦被反华势力控制后会带来多大的困扰，尤其是澳洲的矿产想要运到中国就必须绕一个弯子才行，而且安全性也值得怀疑，所以不干涉是不行的。而如果等到叛军日后成为爪哇的“合法政府”再动手，那就成为侵略了，国际舆论的压力会非常大，不如现在借着帮助爪哇政府平乱的名义“合法”地干掉他们
为了一劳永逸，胡卫东特意邀请与印尼的宿敌亚齐一同出兵，为的是“引蛇出洞”，让一切有反华倾向的爪哇人都自己跳出来，而美国人的支持给予了爪哇人以莫大的勇气，却反而在客观上帮了他的忙。最终先后有超过50万的爪哇叛军遭到歼灭、因为战乱而死的爪哇平民更是多达150万人以上，岛上可以说简直变成了人间地狱。这一战令幸存下来的爪哇人在至少30年内都不敢再兴起反华的念头，中国与澳洲之间的航路也重新畅通起来。
在此期间，美国总统肯尼迪一度想要派出第七舰队前往爪哇给叛军壮胆，但是当初对马海峡遭袭的教训仍历历在目，这令美国人终究不敢再那么冒险，如果派遣更多的军舰、或许足以防御中国人可能发动的突袭，但这个时候“古巴导弹危机”又爆发了，美国海军再没有强力干预爪哇的足够余力，只能坐视爪哇的反华势力被一网打尽。
而且在此期间，太祖还通过输出革命和早就布局的移民战略。令苏拉威西岛以东包括新几内亚岛在内的众多岛屿纷纷独立并成立了亲华政府。而菲律宾国内也爆发了革命并最终获得成功，中国也从此彻底控制了整个南洋。
60年代初期可以说是战后中美关系最为恶劣的时期，两种意识形态的对立也最为尖锐，再加上美国总统又是胆子很大、甚至有些冲动的肯尼迪。而素来对外强硬的太祖也重新成为中国的领袖。结果谁都不肯退让的情况下差点诱发了第三次世界大战、而且还是核大战
当时对于美国政府气急败坏下发出的核威胁。太祖针锋相对地说出了一段后来引起很大争议的话，“就算10亿中国人死掉一半，剩下的5亿人也能够在废墟上重建家园。”。这段话虽然被很多反对太祖的人士曲解为是不顾百姓的死活。甚至是没人性、丧心病狂，但却充分表达出了中国赤色党与中国人民敢跟美国打一场核大战的勇气和决心，结果不信邪的肯尼迪还真的在国内开始进行核战争的准备，但却被不想跟他陪葬的美国大资本家们派人给暗杀掉了，这次核危机才得以解除