学院都市新学期的第一天。
这一天，上条当麻所在的学校出现了“迷之转学生”，茵蒂克丝第一次交到“朋友”，御坂美琴与茵蒂克丝初次会面，夹在两人中间、左右为难的上条当麻，与往常一样不幸，还有由始至终旁观的白井黑子对于上条的嫉妒……然后，魔法师向学院都市袭来！
“迷之转学生”，“朋友”，魔法师。
在《特别警戒宣言》之下的学院都市，科学与魔法交叉之时，上条当麻的故事开始了——！
序章舞台内的表面
学院都市中有座没有窗户的大楼。
门、窗户、走廊、楼梯都没有，作为建筑物来讲，不具备任何机能性的大楼。要是不使用大能力（level4）中的一种“空间移动”（teleport），连出入都做不到的这间密室的中心，放置着一个巨大的圆柱玻璃容器。直径4公尺，全长10公尺的超强化玻璃制成的圆柱体中装满了红色液体，宽阔的房间四周的墙壁，全部被仪器填满，从那里延伸出来的数十万缆线与软管爬过地板，连接着中央的圆柱。
没有窗户的这个房间一直都被黑暗笼罩。只是，远远环绕着圆柱的仪器的指示灯与荧幕的光，简直如同夜空的星星一般闪烁着。
装满红色液体的圆柱中，倒浮着一个身穿绿色手术衣的人类。
学院都市统括理事长，“人类”亚雷斯塔。
看起来既像男性又像女性，既像大人又像小孩，既像圣人又像囚犯。这个“人类”自身的生命活动全部托付给机械，估算得到的寿命超过1700年，包含大脑在内全身大致接近于假死状态，大半的思考也是靠机械来辅助。
（……，那么，差不多该到了吧。）
亚雷斯塔如此思考的瞬间。仿佛在配合着这个时机，圆柱的正面出现了两道人影。其中一人是身材娇小，具备“空间移动”能力的少女。然后另一个是就像陪同女友那样牵着她手的高大男子。
空间移动能力者依旧一言不发，点了点头，便再度消失在虚空中。
黑暗之中只剩下高大的男子。
这是名留着桀骜不驯的尖短金发，视线隐藏在蓝色墨镜下的少年。夏威夷衬衫搭配着短裤，做着与这个场合不相称的打扮。
土御门元春，是泄露英国清教情报的学院都市一方的手下。