六角·仁木联军本就在攻打长光寺城失了先机，且久攻不下后损失惨重，而今又遭到了上杉军的三面夹击，哪里还支撑得住？
加上仁木军率先被上杉军击溃，使得战场形势彻底倒向了上杉军一边，根本难以靠人力来扭转。
就算建部日向守、佐治河内守、岩室大学助等六角军后备诸将纷纷挺身而出，与如同潮水一般袭来的上杉军进行拼死一战，依旧无法阻遏上杉军前进的步伐。
很快，建部日向守、佐治河内守、岩室大学助等人就被上杉军所淹没，先后被讨取。
六角·仁木联军阵地之中余下重伤无法动弹的武士、足轻、阵夫等在败局已定的情况下，也放弃了抵抗。
上杉定虎在登上长光寺城大手门附近的箭橹后，就带头发出了太平吐气（“嘿、嘿、嚯”的喊叫声），与上杉军上下一同欢呼着胜利。
只听山呼海啸之声，澎湃而起。
然而，本庄玖介是杀得兴起，自持骁勇，越发深入敌境，与己方主力的距离越来越远，最后连进藤家清、冈田重尧等友军各部也赶不上他了。
在不知不觉中，本庄玖介身边就只剩下三十多名骑马武士了。
等到本庄玖介意识到情况不妙后，六角·仁木联军的溃兵已经被建部秀清、建部秀信等人收拢了一些，准备收下这送上门来的便宜。
再加上，原本百地三太夫被六角承祯要求率本部军势进驻邻近近江、伊贺、大和三国境目地带的樱峠，负责牵制和监视上杉家旗下国人领主藤林家，当他获知六角·仁木联军于长光寺城外惨败的消息后，随即带着二十名下忍火速北上，准备接应败退至甲贺郡境内的六角承祯。
没曾想，百地三太夫就发现了千秋上杉家重臣本庄玖介正与建部秀清、建部秀信等六角家诸将所率的三百余军势鏖战。
本庄玖介本就兵力寡少，很快为自己的轻率冒进付出了惨痛的代价。经过来回多次突围失败后，他被藏匿于暗处的百地三太夫用苦无击杀了胯下战马而重重摔在了地上，随后就在乱军之中被讨取了，麾下的三十多名骑马武士更是无一人生还。
随后，负责留守于甲贺郡的六角军在百地三太夫、建部秀清、建部秀信等人的率领下又借助地势，将迫近的进藤家清、冈田重尧等多部上杉军击退，这才让六角承祯、仁木义视二人得以顺利退入石部城之中进行休整。
即便六角军讨取了轻敌冒进的本庄玖介，并一度击退了攻入甲贺郡境内的进藤家清、冈田重尧等上杉军诸将，但在短时间内无法发起大规模的反击，只得在石部城之中收拢败军，并密切关注山城、丹波、大和、河内、和泉等近畿诸国之中的动向。
经此一役，自长光寺城至石部城，伏尸十余里，六角·仁木联军被讨取之人也高达四千余人。其中甲贺、伊贺的有名武士就被讨取七百余人。
在打扫完战场后，上杉定虎便将长光寺城笼城战，以及长光原之战、目贺田城之战等战事中讨取的首级送往京都，交由主君上杉清定来进行首实检。
由于六角军非常熟悉甲贺郡的地理，使得八条春纲在率本部军势接应了进藤家清、冈田重尧等部后，也只是夺回了本庄玖介的无头尸身，并没有发现六角军的踪迹。
为了避免遭到六角军的埋伏，八条春纲便率军返回了长光寺城外，并派人将本庄玖介的尸体送往观音寺城，交给留守在观音寺城之中的本庄实乃。
对于本庄玖介的阵亡，上杉定虎表示非常痛惜，便指认本庄实乃的次男本庄清七郎来继承古志本庄家的家名，并让其拜领府中长尾家的通字‘景’，更名为本庄秀景。
鉴于甲贺郡境内形势复杂，且己方才经过讨伐叛离的南近江诸郡国人领主，以及在长光寺城外大战一场，上杉定虎便决定暂缓攻入甲贺郡，便命八条春纲、八条定繁、本庄繁长、宇野左马介、村山义信、渡边纲景、金井重景等己方诸将分别进驻后藤城、川守城、小堤城山城、三上城、市三宅城、多喜山城、日野音羽城等邻近甲贺郡的重镇要地之中协防，以免六角家、仁木家再度发起反攻。
在长光寺城之战结束后不久，京都收复、丹波静谧、三好家与京兆细川家败走摄津、伪朝征夷大将军足利义辉授首等诸多喜讯传到了近江境内。
这就使得南近江诸郡之中除了甲贺郡的大部分国人领主、乡士外，皆彻底放弃与上杉家为敌的想法，并不再与六角家、仁木家产生任何联系，甚至还有不少村落、町镇纷纷捕杀六角家、仁木家派来的物见、忍者，导致六角承祯、仁木义视二人很难获知近畿诸国的最先动向。
随着犬上郡、爱知郡、神崎郡、蒲生郡、野洲郡、栗太郡等南近江诸郡所爆发的国人一揆被上杉定虎迅速弹压，以及于长光寺城外击败了大举北上的六角·仁木联军的传至京都，让才在清水寺设置本阵的上杉清定感到了一丝担忧。
为了避免再度有人以伪朝之名兴兵作乱，以及趁着才倒向伪朝一方的伊势北畠家尚未让受其庇护的小仓宫恒圣进行践祚登基，清定便下令将先前俘虏的伪法皇伏见宫贞敦、伪上皇伏见宫邦辅、伪东宫伏见宫贞康、伪劝休寺门迹宽钦法亲王、伪仁和寺门迹任助法亲王、伪关白二条晴良正室位子女王、伪天台座主应胤入道亲王、伪安禅寺门迹伏见宫惠彭、伪中宫寺门迹伏见宫尊智、伪总持院门迹伏见宫周恭、伪中务卿伏见宫邦茂等伏见宫一族一百余人尽数押至桂川东岸斩首示众，以绝人望。
因八条房繁在率军攻入京都之后，并没有按照清定预想中的那样，让足利义辉放弃抵抗，前往镰仓五山之首的建长寺中剃发出家，反而是迫使其率残余的足利将军家奉公众负隅顽抗。以至于足利义辉之母、前关白近卫尚通（近卫前久的祖父）之女庆寿院也死于非命。
为了给近卫前久、大觉寺义俊近卫一族之人一个交代，清定便勒令八条房繁让出八条近江守家的家督之位，以及解任岩代守护代、白川郡郡司、会津郡郡司、右龙捷备军奉行等职并隐居。
清定鉴于足利义辉在支持伪朝之前还曾是自己名义上的主君，便本着罪不及父母，祸不及妻儿的原则，赦免其女足利耀姬，并送往上杉家本据小田原城之中，交由正室绫姬来抚养。
虽说上杉军的退路、粮道再度畅通，并将原伪朝一方的有力武家六角家、仁木家进行重创，但清定身上的担子并没有因此而轻松。他眼下需要进行妥善的战后处置工作——战功认定、战功封赏、领地变动裁定、阵亡者继承、附逆者处置、处理诉讼等。
首当其冲的便是战功认定。
对于此次发兵上洛过程中，表现活跃之人，清定自然不能吝啬，他随后就进行一一封赏：
河越城城主上杉定虎，加封武藏琦玉郡忍城三万五千石知行地，并兼任琦玉郡郡代，仍担任镰仓府侍所执事、上总守护代、入间郡郡司、都筑郡郡司、橘树郡郡司、石田牧奉行、秩父牧奉行、立野牧奉行、遥领佐渡守护代、左龙捷备军奉行等职如故，许可使用涂舆、毛毡鞍覆、朱柄伞、白伞袋四样免许，以及宅邸和居城大手门前安置下马牌（除主君上杉清定、少主上杉越后太郎丸、征夷大将军足利义氏、以及皇室之人外，所有经过者必须下马或下轿步行通过）；
富山城城主柿崎景家，从越中新川郡转封至信浓伊那郡高远城，领有八万五千石知行地，解任越中守护代、新川郡郡司等职，改任评定众、伊那郡郡司等职；
直峰城城主斋藤朝信，从越后颈城郡转封至越前今立郡一乘谷城，领有七万五千石知行地，解任越后守护代、颈城郡郡司、春日山城城代、府中御所城代、府中町町奉行等职，改任越前守护代、今立郡郡司等职，仍担任右虎捷备军奉行如故；