随着瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等越中一向宗的首要之人授首，越中一国也因此得以静谧。同时，上杉家也不再对砺波郡进行羁縻统治。
之所以上杉家可以非常迅速的弹压越中一向一揆，就是因为越中一国的百姓、武家都渴望过着安定的生活，很少有人希望自己的家园因战火而毁于一旦。
再加上时任越中守护代柿崎景家也采用宽大政策，抚恤百姓、安顿生产、赦免无辜之人等，顺应了越中一国的民心，使得一向一揆众的军心迅速瓦解，也让上杉家在越中一国的统治愈发稳固和安定。
就在本愿寺证如的病情稍微好转一些后，便从兴正寺莲秀口中获知了加贺一向一揆众擅开战端，与上杉家为敌之事。
尽管本愿寺证如差点被加贺一向一揆众的暴走给气死，但还是勒令先前派往加贺进行指导的七里赖周、下间赖照等石山本愿寺的坊官出面与上杉家进行停战和谈之事，并派遣兴正寺莲秀前往加贺一国，前去责问挑起战端的超胜寺实显、本觉寺莲惠、光德寺乘贤等人。同时，他勒令主战的坊官下间寿法自尽。
虽说本愿寺证如想着尽快与上杉家缔结停战议和，并想方设法保住一向宗在越中砺波郡之中仅剩的寺院、道场。但上杉清定可不打算在砺波郡留下任何一座一向宗的寺院、道场。
先前，上杉清定因上杉家与一向宗交好而默许了一向宗对砺波郡的自治，自己也不派遣代官、奉行进入，尽量使上杉家与加贺一向一揆众之间保有一个缓冲地带。
可清定的退让反而让越中、加贺两国的一向一揆众变本加厉。不但煽动越中一国的国人领主向上杉家举起反旗，甚至还向发兵攻入了妇负郡之中。
因此，清定决定彻底捣毁砺波郡之中的所有一向宗寺院、道场，将一向宗的势力连根拔起。
而后，清定还对越中一国进行新的人事、行政安排：
越中守护代、新川郡郡司、富山城城主柿崎景家，加封大村城一万石知行地；
鞍川城城主内山满久、国府城城主神保长职等射水郡诸将先败后胜，每人赏赐五十两白银；
不动山城城主山本寺定长，从越后颈城郡转封至越中砺波郡井波城（原瑞泉寺），领有三万五千石知行地，并担任砺波郡郡司；
鱼津城城主甘糟景持，从越中新川郡转封至越后鱼沼郡桦泽城，领有两万石知行地，并担任鱼沼郡郡代、遥领上总守护代等职；
新川郡郡代、池田城城主安田景元，加封太田本乡城五千石知行地；
津毛城城主斋木尚重，从新川郡转封至砺波郡上见城，领有两万石知行地；
八尾山城城主富永长纲，从妇负郡转封至砺波郡庄城，领有一万石知行地；
宫崎城城主福岛政为，从新川郡转封至砺波郡桑山城，领有两万石知行地，并担任砺波郡郡代；