武田家也因此以极小的代价夺取了先前强攻近一个月都没能攻落的砥石城。
不过，菅平城城番户仓定次倒是传来了一个令清定更为吃惊的消息——真田信隆先前暗中与武田家中之人有所往来。
鉴于眼下信浓的局势已然开始恶化，清定是宁可信其有，不可信其无。
但是，清定并不打算将真田信隆立即擒拿，或是将其换下。
毕竟，目前负责菅平城守备的还是户仓定次，就算真田信隆是菅平城城主，也不能轻易差遣或调动菅平城中的户仓定次所部军势。
故而，清定打算再观察真田信隆一段时间。
可武田晴信这边并没有因夺取砥石城而满足，他一方面火速向砥石城配置城兵，以免被村上家夺回；另一方面则是继续对村上家家臣、旗下国人领主展开调略。
随着砥石城陷落的消息传至中塔城后，城中之人更是惶惶不可终日。
小笠原长时更是察觉到村上家大势已去，再也不可能对武田家构成任何威胁了。
而原先追随小笠原长时至中塔城的家臣、马廻众更是感到恐慌，相继逃亡。甚至还有人转而出仕了武田家。
如此一来，小笠原长时在中塔城再也无法继续支撑下去。他深知继续自己若是继续待在中塔城中，迟早要将命也丢在这里。
为了避免小笠原家嫡流断绝，小笠原长时选择带着一门亲族众、家眷以及部分家臣弃城逃往飞驒。
中塔城城主二木重高见主君小笠原长时执意逃离后，自知已是孤掌难鸣，迫于形势只能向武田家投降了。
武田晴信倒是非常欣赏二木重高的忠义，并没有为难于他，反而还让其本领安堵，受马场信房节制。
不仅如此，武田晴信还趁着小笠原长时逃往飞驒后，就立即派遣使者上洛，向足利义晴、足利义藤父子二人献上一百两甲州金、三百贯铜钱，希望足利将军家能让自己补任信浓守护职。同时，还不断派遣小股军势从筑摩郡深志城出阵，直接对村上家本据葛尾城进行袭扰。
至此，不仅信浓守护小笠原家复兴的希望破灭，甚至还丧失了在信浓一国的全部领地。信浓守护小笠原家作为大名而言已经灭亡。
而村上家的处境也好不到哪里去，即便村上义清获得了上田原之战、砥石城之战两次大胜，可眼下却逐渐处于劣势，甚至还濒临四面楚歌的窘境。
随后，村上义清鉴于村上家在军议评定决策之效率、战败恢复之速度、征发兵力劳役之规模、粮草辎重之通畅、领内府库之厚薄、军械装备之精良、器械制作之高下、商旅周流之闭合、民气战心之高低等，样样都不及武田家的一半，可以说已经无力继续在葛尾城支撑下去了。
经过一番权衡后，村上义清便效仿小笠原长时那样，弃城而逃，带着家眷、部分家臣去投奔上杉家了。
其实，村上义清自己都有些想不通，明明自己已经两次打得武田晴信惨败而归，甚至还一度对武田家造成了重创，可为什么反而是村上家的领国范围越来越小，武田家的领国范围越来越大。