随着小笠原家在盐尻岭之战、村井原之战等战事之中的接连战败，就使得筑摩郡的桐原城、濑黑城、浅间城、塔原城、青柳城、万西城、岛立城、西卷城等地的守将不是望风向武田军投降，就是直接不战而逃。
这就使得小笠原家所面临的形势更加孤立以及岌岌可危。
经过再三权衡，小笠原长时深知自己无力继续坚守本据林城，就决定主动将林城放弃，与小笠原信定、小笠原贞种（小笠原长时之弟）、小笠原统虎（小笠原长时之弟）、藤泽赖亲等人以及自己的家眷，一同前往家中重臣二木重高的居城中塔城（中洞城）来暂避武田家的兵锋。
中塔城位于筑摩郡与安昙郡的深处山谷之中，易守难攻，城中存粮更是可以两千余人食用数年之久。
小笠原长时打算先躲藏在中塔城之中伺机而动，并派遣使者上洛，通过担任足利将军家奉公众的同族小笠原稙盛（京都小笠原家家督），来向足利将军家献上太刀、骏马，意图让足利将军家来介入信浓的战事，为小笠原家斡旋调停与武田家之间的战事。
但武田晴信在接收林城之后可不希望小笠原长时再卷土重来，他直接下令将林城破却，将林城拆下的材料用于加固扩建位于林城西北方的深志城，意图将深志城作为将来进出安昙郡的重要桥头堡。
至此，筑摩郡、南安昙郡大部分地区落入了武田晴信的手中，武田家与上杉家的领国正式接壤。
而从小笠原长时放弃林城的那一刻起，信浓守护小笠原家就等同于灭亡。
天文十六年，三月末。
当小笠原长时派往越后求援的使者抵达颈城郡府中御馆后不久，安昙郡郡司斋藤朝信、安昙郡郡代仁科春盛（饭森春盛）、小川城城主登坂清忠等人也纷纷派遣使者前来告急。
而这时的清定才与家中重臣们一同先后参谒完米山寺、国分寺、本誓寺等位于颈城郡的诸多寺院神社，他在获知此事后并没有声张，反而是做出了以下安排：长尾景虎率左龙捷备两千余军势越山南下至上野与武藏两国的境目地带，负责护送香沼姬至越后颈城郡；
原刈羽郡郡司、琵琶岛城城主八条春纲转封至上野平井城，领有两万石知行地（指出检地），改任担任平井金山（日野金山）奉行、绿野郡郡司等职；
鸟坂山城城主桃井义孝转封至陆奥安积郡高玉城，领有一万一千石知行地，并担任安积郡郡司、高玉矿山奉行等职；
利根郡郡代八条能重于沼田松丸元服之前担任利根郡郡司、下野足尾铜山奉行；
原川奉行、坂户城城下町奉行樋口兼丰受封上野田部井城，领有九千石知行地（指出检地），并担任势多郡郡司、检地奉行等职，负责对上野一国进行检地，正室直江藤（直江亲纲之女，直江景纲之妹）担任越后太郎丸乳母；
中岛馆馆主穴泽氏清担任上野名胡桃城城代，率三百名常备足轻进驻名胡桃城，并担任势多郡郡代；
岩付城城主太田资正担任武藏守护代、琦玉郡郡司、足立郡郡司、横见郡郡司、丰岛郡郡司等职；
箕轮城城主长野业正担任上野守护代、群马郡郡司、片冈郡郡司、那波郡郡司等职；
足利城城主长尾宪长担任下野守护代、足利郡郡司、梁田郡郡司等职；
国峰城城主小幡景定担任甘乐郡郡司、碓冰郡郡司等职，小幡氏一门总领如故；
唐泽山城城主佐野泰纲担任安苏郡郡司；
新田金山城城主横濑成繁担任新田郡郡司、邑乐郡郡司、山田郡郡代等职；
白井城城主长尾宪景担任群马郡郡代；
总社城城主长尾显景担任那波郡郡代（后由其次男长尾景总继任，长男长尾景孝前往越后担任上杉清定马廻众）；