本间总领家的嫡流一系，至此失去了佐渡国主之位以及世世代代传承下来的领地，湮没在了历史的沙尘之中。
由于次阵的八条春纲、八条房繁两部军势是紧随本间贞直攻入杂太城中的，所以就导致河原田本间势没有任何机会去洗劫杂太城本丸的金藏、粮藏等府库。
随后，清定就用原本间总领家的钱粮来赏赐此次杂太城之战的有功之臣，以及嘉奖羽茂高信先前奋力抵抗本间总领家、河原田本间家的侵攻。
对于佐渡三郡已经降服的国人领主，清定并不打算让他们继续待在原领。因为佐渡一国原本的三足鼎立之势已经被彻底破坏，短时间里越后上杉家也无法扶持出一个代理人来维护越后上杉家在佐渡一国的利益。
经过再三权衡后，清定就决定以加封领地的名义将羽茂郡郡司、羽茂城城主本间高信转封至越后颈城郡的猿毛城，让其领有一万一千石的知行地。
本间贞直不仅将苗字改为了河原田，甚至连名也一块儿改了——河原田贞兼。
即便这样，清定依旧不打算让河原田本间家继续留在佐渡一国。
因为河原田本间家治下可是有佐渡一国之中规模最大的金山相川金山，一旦将相川金山据为己有，那么越后上杉家的财力就会更加雄厚。
清定在与直江景纲、大熊朝秀、斋藤定信、新发田纲贞等家中重臣商议一番后，就以河原田贞兼攻落杂太城有功为由，转封至越后刈羽郡安田城，领有三千石知行地。
至于北方馆馆主北方满繁、梅津城城主梅津真茂、谷塚城城主谷塚高纳、二方潟馆馆主土屋照邦、新穂馆馆主新穂和泉守、羽黒城城主羽黑真经、加茂城城主加茂真清、歌代城城主歌代真正等领有不足五百石的国人领主，清定则是继续让他们留在原领。
泻上城城主泻上秀敏、久知城城主久知时泰、泽根城城主泽根高秀（河原田贞兼之弟）等人则是被清定以引路有功为由分别转封至越后鱼沼郡的桂城、鱼沼郡的后山城、颈城郡的显法寺城等地，皆领有两千石左右的知行地。
而佐渡一国的鹤子银山（佐渡一国规模最大的银山）、大须银山、相川金山、三川砂金山等矿山尽数被越后上杉家收为直领进行开发。
就连小木凑、两津凑、赤泊凑等佐渡一国的重要海港也被越后上杉家收为直领。
之后，清定就对佐渡一国新夺领土进行分配:府中町町奉行石坂忠章受封佐渡杂太郡河原田城，领有四千五百石知行地，并担任杂太郡郡司、相川金山奉行、鹤子银山奉行等职；
直江津奉行广居忠家受封佐渡杂太郡杂太城，领有四千石知行地，并担任杂太郡郡代；
虫川城城主计见尧元从越后颈城郡转封至佐渡羽茂郡羽茂城，领有四千石知行地，并担任羽茂郡郡司、小木凑奉行、赤泊凑奉行等职；
冲见城城主须田村定从越后颈城郡转封至佐渡加茂郡（贺茂郡）久知城，领有三千石知行地，并担任加茂郡郡司、两津凑奉行、佐渡水军众旗头等职。