随着下香西家家督香西骏河守与少主香西千虎丸二人被铁炮击毙后，不论是植松资久、植松往忠叔侄，还是香西缝殿助、宫胁弹正忠、饭沼常政等剩余的下香西家重臣皆不愿与上杉家为敌，他们很快就达成一致，向城外的上杉军开城投降。
至此，讃岐一国静谧，一度取代上香西家成为香西氏一门总领，且占据上香西家旧领的下香西家，因看不清天下大势的发展，最终落得个家名断绝的悲惨结局。
与此同时，三木城也到了最期。
在扎比•布莱克索恩的重型佛郎机炮支援下，不仅三木城外围曲轮陆续被上杉军攻落，就连重要支城鹰尾城、新城也被上杉军先后攻落。
三木城中的粮藏早已告罄，饥馑啃噬着守军的意志，望眼欲穿的援军始终不见踪影。
别所就治立于本丸的廊下，耳听城中饥民的哀号，心中明白继续顽抗只会落得城破屠尽的结局。他如今别无选择，根本等不到毛利家、大友家等大名派出援军解围。
于是，别所就治就派遣家中重臣笹仓则贤作为使者，向上杉军副将上杉定虎递上降状，向上杉军立下誓约：愿举一族之生命抵罪，只求赦免城中的领民与城兵。
上杉定虎深知兽困则噬的道理，加上别所家曾经为上杉家牵制三好家，以及协助上杉家静谧播磨做出了不小的贡献，经过一番权衡后，同意了别所就治的请求。
待誓约敲定，别所就治就召集别所一族，于本丸大广间中先后自尽。
别所就治、别所安治父子在切腹时采用的方式是十分残酷的十文字切腹法，也就是在肚子上豁个“十”字，五脏六腑都从肚子里流了一地。
而笹仓则贤、笹仓则知（笹仓则贤之子）、垂井雅治、中村景利、中村忠五郎（中村忠滋之子）、三枝小太郎（光枝小太郎，三枝道右之子）、三枝与兵次（光枝与兵次，三枝道右次男）等诸多别所家家臣不愿苟活于世，先后为别所就治、别所安治两代主君殉死。
不过，煽动别所就治叛离上杉家的别所吉亲，却在妻女自尽后不愿自杀，最终被愤怒的城兵讨取。
血色落于本丸庭中，沉重的城门缓缓向敌军敞开，上杉军踏着死寂，踏入这座饱经饥饿折磨的城池。
就这样，称霸东播磨七十余年的别所家嫡流就此覆灭。同时，伪朝一方在近畿一带的盟友也全部覆灭。
原本，别所吉亲的正室波御前是畠山在氏之女，上杉定虎看在畠山在氏为上杉家静谧河内、和泉、大和、摄津等国做出不小贡献的份上，表示可以对其进行赦免。
但波御前为人刚烈，不愿抛弃自己的夫君别所吉亲，便与别所一族一同在本丸大广间中自尽。
常言道：没有永远的朋友，只有永恒的利益。
虽然宇喜多直家在完成下克上后，倒向伪朝一方，但他选择的发难的时机不对。
上杉家少主上杉氏定自然是不能由着宇喜多直家与伪朝一方眉来眼去，所以他在三好家、别所家等敌对势力尚未覆灭之前，就紧急派遣本庄繁长、立原久纲等将先行西征，要在宇喜多家与伪朝一方勾搭成气候夹攻上杉领之前打掉这个想法！