在完成家督更迭后，荒木村重、池田基好、池田正村等摄津池田家重臣们迅速派遣使者前往上杉军本阵，一面向上杉军递交新任家督池田胜正之弟池田知正为人质，并献出粮草一万石，以示恭顺。
清定鉴于摄津池田家作为京兆细川家的被官出身，且与榎并三好家频繁进行联姻，便决定对其网开一面，授予本领安堵的处分，并要求之后需作为上杉军先导役，协助上杉军静谧摄津一国。
永禄二年，十一月二十五日。
距离上杉军本队攻入摄津境内仅仅不到三天的功夫，芥川山城外围的支城兵砦已经被上杉军尽数拔除，宇佐美定胜、波多野元秀等将所率的九千余丹波众也与上杉军本队合流。
为了进一步震慑芥川山城的守军，清定就命人将前不久讨取的两千余颗三好军首级放置在芥川山城外示众。
芥川山城仅仅坚守了十天的时间，在看到一波又一波的援军被城外的上杉军击溃，以及同僚们的首级接二连三的放置在城外后，城中军心崩溃，大量城兵、协防领民缒城而下，前往上杉军阵地投降，三好长逸根本无力阻止。
眼见无力继续坚守下去，三好长逸在经过再三权衡后，选择剃发出家，取法名北斋宗功，并派遣麾下重臣坂东季秀作为使者前往上杉军阵中，请求开城投降。
然而，清定却并不打算接受三好长逸的投降。
在清定看来，三好家先前的所作所为已经到了天怒人怨、罄竹难书的地步。
先不说三好家发兵烧讨比叡山延历寺之事，单单发兵攻打禁里御所、迫使后奈良天皇自尽，就已经把后路给彻底走死了。
要知道，不论是镰仓幕府执权北条家，还是足利将军家，在鼎盛之时都不敢迫使现任天皇自尽，顶多是流放后另立新君罢了。
若是上杉家接受了三好长逸的投降，那么上杉清定先前好不容易打造的忠臣良将的人设就会瞬间崩塌，以后世人会如何看待上杉家？
故而，清定都没有召见三好长逸派来的使者坂东季秀，直接让小姓头穴泽善右卫门去传话:三好日向守何必如此谦恭？余受诏讨伐弑君谋逆的乱臣贼子，三好日向守便是其中之一，余并不能擅自受降。
在开城投降遭到拒绝后的三好长逸是又惊又怒，但他眼下已是黔驴技穷。
先前被三好长逸寄予厚望的六角家、仁木家并没有响应他的号召而举兵，反而是按兵不动。
而有意重返三好家旗下的松永久秀，在见到三好家如此不堪一击后，也不敢贸然倒戈，只能率军在东河内的高安郡、河内郡、大县郡等地境目地带进行滥妨狼藉，避免遭到上杉清定的猜忌。