尽管细川晴元先前曾派遣麾下忍者去暗杀上杉家常驻于京都的谱代家臣神余亲纲，意图将上杉家拖入京兆细川家与三好家之间的战事，但清定本着敌人的敌人就是友军的态度，打算团结一切可以团结的力量，也希望上杉家能尽快在近畿诸国站稳脚跟，便暂时不追究此事。
毕竟上杉家在近畿诸国的根基不深，以及新任征夷大将军足利义氏在近畿诸国毫无人望，急需获得近畿诸国各方势力的认可。
故而，清定便准备利用细川晴元那残存的威望，让上杉家的影响力迅速延伸至近畿诸国。
之所以上杉清定会在三好家、赤松家、六角家、仁木家、石山本愿寺等敌对势力尚未攻灭的情况下就大规模惩处麾下诸将，是因为他不愿走大内义兴、细川高国、细川晴元、三好长庆等人的老路。
清定深知单单获得皇室、朝廷、寺院神社、足利将军家的支持是不能长期稳固的在近畿诸国进行统治，必须要获得近畿诸国的民心。
再加上，上杉家物见奉行加藤段藏已然探知了三好长庆在山科原之战爆发前就病逝的消息，使得清定得以有足够的信心和底气来惩处那些不听号令、肆意妄为的参阵诸将，尤其是多湖大藏介、大木安艺守、种付弹正左卫门、片山信保、梅户高实等反复无常的北伊势诸将。
在清定看来，这些人完全是我胜即来，贼胜则往，毫无底线可言。
正所谓雷霆雨露，皆是君恩。
对于大崎义直、葛西晴信这样一矢不发的就抛弃家臣、本部军势而逃之人，差点让以上杉军为主的近三十万官军陷入腹背受敌、后路断绝的危险境地。
所以，清定更加不会对大崎义直、葛西晴信二人心慈手软，直接命京都所司代宇佐美定胜将他们擒拿后，押至桂川东岸斩首示众。同时，他还宣布对大崎家、葛西家处以改易除封的处分。
不过，对一栗放牛、四釜隆秀、宫崎隆亲、氏家隆继、石川正隆、柏山明吉、及川赖家、口内带刀等不少大崎家、葛西家重臣们的表现，清定还是看在眼里的。
于是，清定就在对大崎家、葛西家进行改易除封的同时，将协助上杉定虎弹压南近江诸郡国人一揆，以及击退六角·仁木联军侵攻有功的一栗放牛、四釜隆秀、宫崎隆亲、氏家隆继、石川正隆、柏山明吉、及川赖家、口内带刀等大崎家、葛西家重臣们收为直臣，并对他们颁下知行安堵状、赏赐太刀和骏马。
等上杉定虎率军护卫正亲町天皇、觉恕法亲王、近卫前久、大觉寺义俊等一行人重返京都后，就被清定单独召至清水寺之中。
“臣千秋弹正尹定虎参见御屋形殿，恭贺御屋形殿收复两京。”上杉定虎在一进入清水寺偏殿，就向清定恭恭敬敬的拜伏下去。
“平三不必多礼，这里有没有外人，再靠近一些。”清定一面微笑着示意上杉定虎免礼，一面向她招了招手，让其靠近一些。
“臣遵命······御屋形殿······疼······”
可当上杉定虎真的靠近清定后，清定反而是突然起身，直接揪着她的右耳不放。
“你还知道疼？余都说了多少遍了，作为一军主帅切勿莽撞，应在后方主持大局，而非好勇斗狠、亲临一线。若是遭遇不测，余怎么向阿绫解释？虎千代又该怎么办？”清定为了顾及上杉定虎的面子，这才选择了单独召见她。