为了不让足利义辉被铁炮的弹丸击中，足利将军家奉公众中的荒川晴宣、荒川辉宗等人就主动站在足利义辉的身前，替他挡住了一轮铁炮集火射击。
尽管荒川晴宣、荒川辉宗等人舍命为足利义辉挡铅弹，可足利义辉还是在没有任何甲胄的防护下，依旧被一发铅弹打穿了左腿，在其余奉公众的搀扶下缓缓退入大广间中。
而后，上杉军的武士、足轻在铁炮、弓矢的火力掩护下，大量冲入大广间之中，与足利将军家的奉公众展开近战。
由于足利将军家奉公众的人数实在过于寡少，进士藤延（进士晴舍之子）、彦部晴直、彦部辉信、杉原晴盛、小笠原稙盛、细川隆是、摄津糸千代丸（摄津晴门之子）等奉公众先后被上杉军所讨取。
就算足利义辉剑术出众，并口念“不敢暴虎，不敢冯河；人知其一，莫知其他；战战兢兢，如临深渊，如履薄冰。”（《诗经・小雅・小旻》中的最后一部分）还是寡不敌众，被上杉军的足轻们用障子、门板压在身上，用大量长枪、薙刀猛刺，几乎被扎成筛子而亡。
就这样，一代剑豪将军魂归离恨天，享年二十三岁。辞世句为“梅雨如露亦如泪，不如归，名扬云端上”。
《诗经・小雅・小旻》的这一段实际上是讽刺了西周统治者的昏庸无道。
曾经被父亲寄予厚望的少年，此刻却成为了三好军口中宠信奸臣妖妃，如周幽王一样的昏君······
何等的绝望！
何等的悲凉！
不过，大名率军包围将军御所的御所卷（诸大名的军队包围将军御所，对幕政的决定提出异议），只在室町时代发生过，可见足利将军家的权威低下。
康永八年（1349年），高师直为了驱逐足利直义一派，悍然率军包围足利尊氏的御所，是为观应扰乱的开端；
英和五年（1379年），斯波义将为了驱逐细川赖之一派，发兵包围了足利义满的御所，被称之为康历之变；
文正元年（1466年），细川胜元、山名宗全为了驱逐伊势贞观一派，联手发兵包围了足利义政的御所，被称之为文正之变；
应仁元年（1467年），细川胜元、畠山政长于山名宗全、畠山义就两派为了驱逐对方，在将军御所互相包围，最终发展成御灵合战，也是应仁之乱的开端。
算上这一次上杉军包围室町御所，已经是足利将军家第五次面对御所卷发生。
即便八条房繁、甘糟景持、宇都宫定纲等上杉军诸将得知足利义辉已经身亡后也无法制止已经杀红眼的麾下军势。
很快，在室町御所之中的足利义辉家眷绝大部分遇害。
其中就包括，足利义辉之母、前关白近卫尚通（近卫前久的祖父）之女庆寿院，以及足利义辉侧室进士小侍从（进士晴舍之女）、嫡男足利辉若丸等十余人也一同遇害，仅有一女耀姬被足利将军家奉公众的能势光赖趁乱带出，一路逃往河内砂之城，去前往同为足利将军家奉公众的河内结城领避难。