在上条家结束评定，以及八条宪繁、八条能重二人开始在南鱼沼郡的芝原峠、威守松山两地筑城后不久，花仓之乱结束的消息也传到了坂户城中。
这场争夺今川家家督之位内讧以梅岳承芳一方获得了胜利，并还俗更名为今川义元。
今川家重臣冈部亲纲率军攻落了玄广惠探一方的方上城。福岛正成最后力不能支，最后与玄广惠探等人只能放弃了花仓城而逃亡。
天文五年，六月二十八日。
玄广惠探由于无法摆脱追兵追击，被迫于濑户谷普门寺自尽，福岛正成则下落不明（大概率遭到落武者狩），福岛正成的两个儿子倒是侥幸逃到了北条领，后更名为北条纲成和北条纲房，就此成为北条家的一员。
在平定了花仓之乱后，今川义元在太原雪斋、寿桂尼的协助下逐步坐稳了家督之位。
之后，武田家嫡子武田晴信还在今川义元之母寿桂尼的介绍下，迎娶了清华家之一的转法轮三条氏之女三条之方为正室。使得今川家与武田家之间的关系迅速升温。
而此时的越后，经越后守护上杉定实的从中斡旋调停之下，府中长尾家与上条家正式达成停战议和，双方于刈羽郡的实相寺中互换了誓书。同时，上杉定实与长尾晴景还赦免了上条清定攻灭上田长尾家一事，对此不做任何追究。
不过，长尾晴景因赦免上条家攻灭上田长尾家一事也导致了古志长尾家、下田长尾家、饭野长尾家、藏王堂长尾家等诸多同族的不满。
不论怎么说，上田长尾家也是因自身倒向府中长尾家一方而导致被上条家攻击的，府中长尾家在战后既没有选择追究上条家的责任，又没有打算恢复上田长尾家的家名，这就让越后七郡的诸多长尾庶子家都为此感到追随府中长尾家会导致自家的前途堪忧。
北条城城主北条高广、板木城城主发智长芳、须川城城主金子尚纲、六万骑城城主福岛政为、桦泽城城主栗林赖忠、浦泽城城主大关亲信、稗生城城主平子房政、小出城城主榆井治部少辅、志久见城城主市河赖房（市川赖房）等大大小小的国人领主分分选择向上条家递交誓书和人质，使得上条家的政治版图瞬间膨胀至几乎占有刈羽郡、鱼沼郡两郡以及奥信浓高井郡一部。
之所以北条高广、发智长芳、金子尚纲、福岛政为、栗林赖忠、市河赖房等国人领主会选择顺势倒向上条家一方，就是因为看出了府中长尾家如今已是外强中干，连自家同族被攻灭了都无动于衷，就更别说确保他们这些国人领主的利益了。