也正如上杉清定所想的那样，就在游佐秀赖离开越后上杉军的本阵后不久，瑞泉寺坊官上田石见守就请求面见清定了。
而清定对待越中守护代神保家的态度依旧不变——尽数让出妇负郡、新川郡两郡的城池兵砦，并率其家臣离开。
上田石见守见清定并没有对越中守护代神保家赶尽杀绝后，也不反对清定的方案。
毕竟越中一向一揆众割据之地主要是砺波郡以及南射水郡，至于妇负郡和新川郡两郡，很早在长尾能景、长尾为景父子多次攻击之下，寺院、道场几乎尽毁，很难在短时间内进行复兴。
随着越后上杉家与匠作畠山家、越中一向一揆众先后达成一致下，神保长职只能迫于三方压力，下令将新川郡、妇负郡尚未沦陷的城池兵砦让渡给越后上杉家，自己则是将本据迁至南射水郡的府中城（国府城）。
当然，也有拒绝交出自己领地之人。例如妇负郡有富崎城城主寺岛盛德、大道城城主小岛胤兴（寺岛盛德之兄）、田中城城主田中市正，新川郡有池田城城主寺岛职定、汤端城城主畑九郎。
虽说神保长职为了保存实力、休养生息，只能接受越后上杉家的划分领地方案，但并不代表越中守护代神保家所有的重臣以及旗下国人领主就能接受。
其中，小岛胤兴、寺岛盛德、寺岛职定、田中市正、畑九郎等人就意图与越后上杉家抗争到底。然而，他们并没有获得神保长职、越中一向一揆众的支持，以至在与越后上杉军的交战中很快就被击败、讨取。
也有不一部分越中守护代神保家的重臣请求出仕越后上杉家，来换取本领安堵。其中不仅有越中守护代神保家家老小岛职镇、安藤职张、水越胜重等人，甚至还有神保长职的同族重臣神保觉广。
为了尽可能分化越中守护代神保家，清定倒是并不反对这些原越中守护代神保家重臣的出仕。
在清定看来，经略越中一国并不能过激。因为越中一国的平原地区较多，且易攻难守，而且西越中地区深受加贺一向一揆众的影响，眼下还需要保留与一向一揆众的缓冲地带。
再加上清定深知自己才入主府中御馆不久，并不能将越中一国的战事长期化，而且还需要提一些防心怀贰心之人，只能选择借坡下驴，与越中守护代神保家达成停战和睦。
天文九年，八月二十日。
在攻灭了负隅顽抗的越中守殿神保家家臣以及其旗下国人领主后，清定就以山本寺定长、桃井义孝、直江景纲等人负责对妇负郡、新川郡两郡进行大规模的检地，就算是旗下国人领主椎名家也不例外。
清定还不忘指示负责检地的山本寺定长、桃井义孝、直江景纲等人，一旦发现抗拒检地、逃往他处的诸侍、百姓，必须及时抓捕并上交。
不仅如此，清定还将先前逃入越后一国的流民迁两千余人至新川郡的片贝乡、小川乡等地进行安置，并充实新川郡的人口。同时，他还安排甘糟泰重进驻若栗城、丸山昌明进驻宫崎城、平子房政进驻新庄城、金子尚纲进驻舟见城、发智长芳进驻池田城、大关亲信进驻莺野城、登坂清高进驻富崎城、下平吉长进驻横尾城、八条房繁进驻富山城、安田景元进驻白鸟城······
清定在妇负郡、新川郡两郡的重镇要地配置好守军后，就开始着手进行战后处分了。