随着上杉家与朝廷先后对石山本愿寺方面施加压力，成功迫使石山御坊开城，以及现任一向宗法主本愿寺显如也遵从和议的内容，率本愿寺教团尽数退出石山御坊。
至此，石山御坊自一向宗中兴之主本愿寺莲如以来作为一向宗总本山仅持续了二十六年的时间。
虽说近畿诸国的形势已经不利于石山本愿寺，但也还没有到完全失败的地步。
单单石山本愿寺之中的信徒、坊官、代官、僧兵等就达到了四万余众，播磨、纪伊、河内、和泉等国仍由一向一揆众与上杉家为敌。
加上上杉家并没有完全掌控濑户内海的制海权，使得石山本愿寺仍然能通过海路源源不断的获得粮草辎重。
上杉清定鉴于前任一向宗法主本愿寺证如曾经多次出面斡旋调停，使得上杉家得以顺利静谧佐渡、越中、飞驒等国，他本人并不希望以武力去征服石山本愿寺，更不希望与石山本愿寺之间爆发长期的战事，所以只能选择议和并停止战事。
在清定看来，若是上杉家与石山本愿寺之间的战事陷入持久战、拉锯战，那么到最后只会让毛利家、大友家等尚未降服于上杉家军门之下的西国、九州等地大名进一步壮大。
再加上，上杉家若想真的攻灭石山本愿寺，必然需要付出大量的人力、物力，且还会对经济发达、人口稠密的摄津湾周边地区造成极大的破坏。
为了尽可能避免这些经济发达、人口稠密的地区遭到战火波及，以及避免毛利家、大友家等敌对势力坐大，清定自然是希望能尽快结束近畿诸国的战事。
而且，朝廷方面也完全按照清定的策略、意图去行动，以“赦免”来偷换概念，等于承认了上杉家的正当性，而将与之敌对的石山本愿寺置于不义之地。
另一方面，对石山本愿寺来说，他们不是遵从上杉家的命令，而是在正亲町天皇的敕命之下进行停战议和。这就让扶桑各地的一向宗信徒、坊官、代官、僧兵等，尤其是曾以生命与上杉家相搏之人也比较好接受。劝说一向宗信徒听从世俗权力的支配，提倡莲如上人以来的“王法为本”。
才亲政不久的本愿寺显如考虑到，若是石山本愿寺继续与上杉家对抗下去，恐怕会像加贺、三河、越前、近江等国的一向宗寺院那样遭到上杉军的大肆破却，以开山祖师亲鸾上人尊像为代表的各种宝物都将遭到破坏，以至法流断绝，所以不得不选择议和，避免事态进一步恶化。
毕竟，石山本愿寺中断与三好家之间的联手，就是因为比叡山延历寺之中放置的开山祖师亲鸾上人木像遭到了三好军的烧讨。
然而，统辖着‘播磨六坊’的本德寺住持本德寺教什却公然违背本愿寺显如的‘法旨’，反而号召播磨一国的一向宗信徒继续袭扰摄津、丹波、但马、因幡等国的境目地带，拒不接受与上杉家进行停战议和一事。