在新春会议上，对将可能到来的大旱灾中，黄来福要求民政部早早作好相关的抗旱准备，黄来福还传文两镇巡抚，要求他们高度重视这一点，把各地的抗大旱、保春管、夺丰收作为当前最紧迫的任务。在两镇中，眼下各地农场及新增的军屯之地，由于有大规模的水利，所以就算大旱前来，也同样可有与往年一样的丰收。
不过各地的民户中，他们那种小农经济的耕种方式，哪里抗得住天灾的侵袭？因此黄来福除传文各地尽量学习五寨堡农场，发动百姓挖掘一切水源外，也决定扩大两镇各地的建设规模，增加各地民户以工代赈的机会。
同时间，黄来福也下令总督府民政部下属的文卫局做好相关的卫生防疫工作，大灾后是大疫，为了尽量避免鼠疫在山西各地爆发，黄来福除了让文卫局开始四下宣传，增加各地民众的卫生意识外。还在两镇境内开展大规模的灭鼠运动，连旱獭也杀了不少。
为了充分调动百姓们的积极性，总督府下令收购老鼠，一只老鼠一文钱，最后收到了几百万只的老鼠，成为各地文官们的笑谈。
黄来福当然不会理会那些文官们的阴暗心理，从春节开始，灭鼠运动便在两镇境内轰轰烈烈地展开。
事实如黄来福所预知的，从万历二十九年开春后，大明北方各省便是滴雨皆无，这种情况一直延续到六月时分仍是丝毫没有改善。算上从去年六月开始，大明北方己是整整一年没有下过雨，北直、山东、山西、河南各地都是赤地数千里，连南方许多省份同样也是大旱。
六月初六日，礼部上奏：“自二月至六月初，畿辅内外半年不雨，土脉焦枯，河井干涸，二麦尽槁！”
北直巡按何尔健也是上奏：“阜平县丈水洞矿夫张世诚饥饿，将六岁小儿杀死煮食！”
云南巡抚上奏：“云南大旱，民饥甚，米价骤涨，米每斗至银四钱！”
河南巡抚上奏：“……”
一时间，大明各地纷纷拉响了旱灾警报。
同时间，北方各省瘟疫大作，鼠疫开始流行，河南巡按上奏：“河南荥阳县春大疫，民死不隔户，三月路无人行”。
空前的大旱灾让北方各地又是灾民云集，每日涌入京师各地的灾民达到数万，万历皇帝下令赈灾，并亲自求雨。不过这个天灾机会却让一些文官们欣喜不己，他们认为自己抓到了机会，一时间，大规模攻击矿税之害的奏章又是潮水般涌入宫内。
六月初十日，户科给事中田大益上奏：“陛下驱率狼虎，驱而食人，使天下之人剥肤而吸髓，以致天灾地裂、山崩川竭。祸害自皇上而开，民愤由怨积而来，奈何欲塞民耳目以自解释。今四方百姓，见陛下在上天警示后仍无意改弘更张，知祸必不解，必定群起为变。为此之时，只有尽杀矿监税使以谢天下，国家才能有救！”
接着吏部尚书李戴奏言：“今北直隶各府旱灾严重，民不聊生，草木既尽，即食树皮，尸横满道，村空无烟，坐而待救济者有十八万人。夏麦已柘死，秋种未得播，使百姓坐而待死，更何忍言！而再派宦官四出开矿、征税，小民岂能不困！今村里空，山泽空，郡县空，部银空，国库空，民之穷困如病人血气已尽！”
凤阳巡抚李三才上疏道：“一旦众叛土崩，则小民皆为敌国”。
左都御史温纯上疏：“国内百姓，困于水旱，困于开矿，已毫无乐生之心，请即日罢矿税，逮治税使李凤、杨荣、陈增、高淮等人！”
……
攻击矿税之害的奏章一波接一波，连新任内阁首辅沈一贯也是上疏劝万历皇帝尽罢各地税使。不过如潮的奏疏中，却没有几个人认真地谈谈该如何应对眼前这场大灾，让万历皇帝愤怒不己。
六月底，京师报馆的《五寨堡新闻报》突然发行黄来福的署名文章：“是守心供职，还是挟私沽名？——浅论天灾只是大自然正常现象！”，一石激起千层浪，黄来福署名文章的发行，在大明官场上引起渲然大波！