朱由检下旨“勘查”袁崇焕罪状，内阁票拟：袁崇焕擅自处死毛文龙，与后金谈判，导致敌军进犯，是欺藐君父、失误封疆的大罪。
为慎重计，已经下定决心的朱由检在乾清宫暖阁召见内阁大臣，商议处决袁崇焕之事。随即又在平台召见内阁、五府、六部、都察院、通政司、大理寺、翰林院、六科以及锦衣卫堂上官，共同商议对袁崇焕的处决事宜。
朱由检道：“袁崇焕辜负朕的托付，一味欺骗隐瞒，为了与后金谈判，而处死毛文龙，纵敌长驱直入，顿兵不战，遣散四处勤王援军，种种罪恶，不可胜数。”然后用询问的口吻问道：“三法司如何判决？”
“依律磔之！”
所谓“磔”，就是凌迟处死，即寸寸脔割至死，俗称千刀万剐。
朱由检又道：“众卿以为如何？
周延儒带头道：“袁崇焕的罪实在不可宽恕。”
既然大家意见如此一致，朱由检立即命令刑部侍郎涂国鼎前往监督行刑。并说道：“诸臣欺罔蒙蔽，从无一份奏疏揭奸恶，你们都应当洗心涤虑，多为国家考虑。”
袁崇焕妻妾子女及兄弟流放至二千里以外，其余人等不加追究。
大小臣等连忙叩头引罪。
行刑那天，场面空前热烈。
有人说：崇焕无子，家亦无余资，天下冤之。这个冤，至今也是热门，不过如果没有金庸先生杜撰的“袁承志”，又会有多少人还记得袁崇焕呢？
不管怎么样，当时的情景确实和冤案一点相似之处都没有，没有人喊冤，只有万人拍手称快。
赵谦看着人山人海的场景，也忍不住和韩佐信一起仔细观看。地点是西市，就是京师西边那个菜市场。
凌迟处死，杀千刀。负责行刑的刀手姓张，头扎红头巾，也许是为了辟邪，祖传手艺，工具是牛角刀，也是特制的。袁崇焕的肌肉被鱼网勒紧，让一块块肉从网眼里鼓出来，然后等待一刀刀割掉。
袁崇焕面不改色，接受磔刑。顺便说一句，明朝很多当官的实际上不是很怕死，起码表现出来不怕死。海瑞就被人说成“以死博直名”。进士出生的文官，比杀人不眨眼的将军胆子还大。
刽子手从他身上割下一块肉，围观的百姓立即出钱买下，不多久，身上的肉全部割完，竟然开膛破肚，取出里面的肠胃，百姓一哄而上，抢夺一空。得到一块肉的人，喝着烧酒，把肉生吞下肚。面颊上沾满了血迹，还在唾骂不已。有的人拾得骨头，用刀斧斩碎。因为这个缘故，袁崇焕的尸体可以说是“骨肉俱尽”。只剩下一个级，还得传往长城沿线的九个重镇，警告那些将领，引以为戒。
这个场面热烈而诡异，按理说，袁崇焕没有功劳也有苦劳，为大明社稷流血流汗，就算死于党争，平民百姓没道理这么兴奋。实际上一切都和利益与当时舆论向导有关系。很多人全家被人抢了个干干净净，妻子儿女都被糟蹋了，恰好这时有人说是袁崇焕的罪魁祸，说得头头是道，且袁崇焕确实有那个嫌疑，于是，不恨他，恨谁呢？