以前朱聿键希望用民族主义思想武装他们的头脑，让这些官员能够自觉的自我约束，但是现在看来情况不容乐观，因此他决定建立监察司专门对官员的不法行为进行监控。
为了防止政务院各部门与监察司有什么勾结，这个监察司与公安司和情报司一样，专门对朱聿键本人负责，同时让与政府官员没有多少瓜葛的总参谋部副总参谋长孙传庭担任司长。
为了加强军队的掌控，将其彻底与地方政府实力脱离，避免互相勾结的情况出现，朱聿键还决定建立负责武器装备定型和采购配发的总装备司，以及负责负责军粮、军服、被褥等其他物品供应，以及各种物资战时运输和日常储备的总后勤司。
曾经因为孔有德之乱而投奔唐军，又在美洲作战中屡立战功的老将张焘担任了总装备司的司长，在对沙俄的大规模作战中，出色完成了后勤补给任务，支持大军打赢了最终决战的北方总督陈子龙，卸任之后成了总后勤司的司长。
这两个司并不属于政务院，而是隶属于总参谋部编制，算是军方的部门。除此之外各部队进行调防，许多临时部队重新更改番号，并固定了防区。
为了将军政脱离，朱聿键发布了军区的新编制，任命军区司令统管辖区军队，在战时担任一个方面的前敌总指挥。他们的后勤和装备问题将由总装备司和总后勤司直接负责，不再与地方政府发生联系。
最重要的两个军区就是位于北方的乌拉尔军区和远东军区，其中乌拉尔军区的防区包括乌拉尔省、伯利亚省和西疆省。军区司令由刘体纯担任，将他的第七军摆在乌拉尔山正面，此外乌拉尔军区还掌管满桂的第三骑兵军和第一、第三两个守备军，这个军区的主要任务就是面对沙俄与中亚的诸多蒙古国家。
远东军区包括北海省、远东省、高丽省，以及北美洲最西端的跨海省，军区司令由袁崇焕担任，主要负责对蒙古和满清作战，袁崇焕所率领的第四军驻守此地，另外还有吴之番的第一骑兵军、赵率教的第二骑兵军和第五、第六守备军的兵力，其中第六守备军是以三个印第安师整合而成，主要驻守跨海省地区。
浙南五府、福建省包括夷州岛地区、吕宋省、澳北省，以及澳洲大陆上的四个省，包括大沽寨和上海寨都划入中央军区，由总参谋部直接管辖，配备近卫师、第七、第八守备军、第一独立旅和陆军飞艇队，其中第八守备军主要驻守澳北省和澳洲大陆的四个省。
交趾省、缅甸省和群岛省做成中南军区，军区司令为李侔，主要驻守第三军和第九守备军，除了负责当地警戒任务之外，还要注意莫卧儿帝国方向的作战。