原本一直待在淮安的福王突然失踪了，而且是在遭到刺杀之后失踪的，若是放在两年前，这肯定会在朝廷上引起一场掀然大波，但是在如今，新的南京朝廷，却并没有谁愿意认真的追查这件事情。因为在如今，南京的新朝廷还有一大堆的事情要忙呢。
我大明在南京一直留有一整套的中央机构，除了没有皇帝和内阁，它就几乎和北京的一模一样。当初成祖皇帝迁都北京的时候，为了平衡南方的利益，便在南京也留下了一整套的中央机构。理论上，这套机构中的官员，和北京的那套机构中的官员在等级上是平等的，比如南京户部尚书和北京户部尚书在理论上和北京的户部尚书是一样的。但在实际的职权上，南京户部尚书当然无法和北京户部尚书相比。所以后来，南京的那套中央机构，就变成了安置闲散退休官员以及一些不受待见却找不到什么毛病来直接降职或是干脆治罪的官员，事实上就成了养老院加垃圾回收站。比如著名的海青天海瑞，就长时间的在南六部为官。因此，南京六部的官员如果不是老头子，便是和原本的朝廷格格不入的反对者。
崇祯皇帝登基以后，一度大用东林党人，但是很快他就发现，东林党人除了嘴炮，干啥都不怎么样，而且习惯于将和自己不一样的人全都打成“奸佞”，似乎有要独霸朝堂的意思。一般来说，对任何一个做皇帝的来说，手下人全是一伙的，或者试图将其他不是自己一伙的人都赶出去，这都是不可容忍的。因为这种情况如果不能制止的话，几乎就必然意味着皇权的旁落。
东林党既不会做事情，又喜欢排斥异己。如此一来，崇祯自然对他们越来越不满。但是另一方面，东林党人干别的也许不怎么样，但是玩舆论却是顶尖的，所以他们的名声倒是一个赛一个的好。直接罢官贬官也不太好。好在我大明有个南京六部，于是崇祯皇帝就采用给东林党官员“升官”的方式，把他们都丢到南京去了。然而崇祯皇帝却没有想到，有一天，北京的中央机构会和自己一起完蛋，而南京的那个用来当垃圾回收站的南六部却一下子成了朝廷，已经被他弄下去了的东林党人又一次占据了整个官僚系统中最重要的位置。
南京本来就是东林的根据地，用后世的阶级分析法来看，东林党正是南直隶一带的大地主大商人的利益的代表，如今他们自然不愿意弄一个和他们不对劲的亲王来当皇帝。因此他们一直想要跳过拥有最高继承顺位的福王，将皇位交到和他们交好的潞王手里。如今，最大的障碍福王突然失踪了，从某种意义上来讲，这倒是正好合了他们的心意。正所谓先入关中者为王，凭借着整个南京的官僚系统，再加上如今福王突然生死不知，更有流言说他被贼人所害，东林魁首钱谦益觉得，这时候倒是正好可以以国不可一日无主为名，先行让潞王监国，然后传令四方，迅速的定下名分，然后，似乎天下就可定了。
钱谦益的看法得到了不少东林党人的拥戴，比如说南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广都表示了支持，倒是此时最有实权的南京兵部尚书史可法颇有些疑虑，因为依照礼法即使不考虑福王，也应该首先考虑桂王。只是桂王此时远在广西，路途遥远，一时间也到不了南京。钱谦益便向史可法道：“若立桂王，桂王何时才能到达南京？怕是一去一来，七月份都不一定能到。如今天下汹汹，各地军将多怀狐疑。若是不能早立天子，万一各地军将受贼军之逼，则吾恐彼等降贼者必多如牛毛。若此，大事去矣！”
史可法却还是有些犹豫，又道：“若遥尊桂王为监国如何？”
“遥尊桂王？若如此，如何给各军镇下令？”钱谦益却道，“若是以监国的名义，我们直接下令，那人人皆知监国尚在广西，我们不过是矫诏，谁又会真的听命？况且将来史书上会怎么写？若是凡事请命，道路遥远，与无君何异？如今天下危急，多拖一天，便多一天的危险。桂王若是在南京附近，自然最为合适，但是如今远在数千里之外，正所谓远水不救近火！况且潞王贤明，天下皆知。如今，要保住大明社稷，便只能立潞王为君了！”