当然，满清也可以绕道蒙古入关，就像他们以前经常做的那样。但是这样做道路遥远，补给起来会非常困难，所以满清以前入关，都只能在关内劫掠一番，就撤回关外。因为后勤的问题，他们的军队事实上并不能长时间呆在关内。
既然做了这样的决定，锦州暂时就显得不是特别重要了。因为攻击顺利，清军没来得及烧毁府库，所以大量的被准备来支持清军作战的物资，比如粮食，比如生铁和铜，（虽然辽东矿产丰富，但事实上，直到这时候，满清依旧没有自己大量开采，冶炼金属的能力，这些战略物资，大多都是通过和山西商人的走私贸易而获得的。）比如布匹，比如皮革，还有大炮、刀剑、弓箭、火药等等等等，都落到了模范军的手中。郑森便下令，让模范军将用得上的物资，统计起来，以便于迅速搬走或者摧毁。同时下令模范军开始对锦州城的城墙进行破坏。
满清自制的火药质量很不稳定，完全不符合模范军质量标准，所以在经过一系列的试验后，参谋部门向郑森提出，考虑到这些火药除了做鞭炮其实没什么太大的用处，所以他们请求郑森允许他们干脆就把这些火药全部用于对锦州城墙的破坏。和刘宗敏一样，他们也想要用火药炸开城墙。
不过和刘宗敏不同的是，模范军中的一些人在玩火药方面要比刘宗敏有经验得多。所以他们的爆破方式也更为合理一些，他们先在城墙下面掏出一个能让一个人爬进去的洞，然后再转个方向，往下挖出一个可以放进一个木桶的垂直的小洞，接着便将一个装满了火药的木桶放进其中，再用竹管连出导.火.索，再将整个洞都堵上，然后再进行爆破。
事实证明这种办法相当有效，虽然并不能一次将一整段的城墙炸碎（要做到这一点，靠火药的威力是做不到的，必须要靠正宗的炸.药才行。），但一次就可以在城墙根部炸出一个大坑，连续进行几次爆破，就足以摧毁一段城墙，这个效率，比起让士兵们用锄头挖可是要快多了。
在隆隆的爆破声中，模范军的士兵们用马车将他们缴获的各种物资从城中拉了出来，通过临时建造的码头，将它们装上了内河舰队的船只。首先被装上船的是各种大炮和金属制品。这些东西在运输清单上都是最为优先的。这不仅是因为它们最为昂贵，更是因为它们是无法用焚烧的方式来销毁的。如果清军回师的速度够快，郑森可不想让满清把这些东西再缴获回去。虽然满清手中的各种大炮，依照模范军的标准来看都是不合格产品，但是，郑森完全可以把它们拿去卖给德川幕府或者是中南半岛上的那些国家。
内河舰队的船只很快就装满了各种货物，而此时锦州的城墙已经被炸开了好几个大缺口。包括几座城门，都被炸毁了。其中的一处缺口连绵着又差不多两百多步，我大清如果要修复它，估计很要花些力气了。
当内河舰队满载着各种金属物资离去的时候，模范军海军陆战队的一支部队也在笔架山登陆了。当初郑芝虎在笔架山上建立过不少的设施，不过后来在撤退的时候，大多都被他自己烧掉了。清军对这处地方并不重视，所以自然也没有在这里驻军，于是海军陆战队轻而易举的就占据了笔架山，并开始在这里重建营房仓库和工事。
在内河舰队离开一天之后，模范军的部队，带着其他的一些缴获物，撤出了锦州城，开始向着笔架山转进。临走的时候，郑森又让人在城中放了一把火，将一些带不了的东西，还有整座城市都烧了个精光。