彻底掌控准噶尔后，苏勒坦盘算自己的战果，可谓辉煌。
世人皆道准噶尔贫瘠，其实不然，其境内铜、铁、硝石、硫磺等自然资源十分丰富，且因地理位置毗邻中亚和沙俄，物流贸易繁荣。巴图尔珲台吉是搞经济的好手。在他的治理下，准部不仅人口和牛羊马驮数量增多，农业也有了巨大的进步，手工业、冶矿业十分发达，境内专门从事冶金和打造兵器的工匠多达近千人，牛羊、麦面、蔬蓏之贱，浇植、贸易之利，金矿、铜矿之旺，徭役、赋税之简，外番茶马、布缎互市之利，皆不亚于内地。
这位珲台吉还极其重视军事，取沙油汁，煮土成硫黄，取泻卤土煎硝，制作火药，善用火器，逢战，先鸟炮，次射，次击刺。令甲士持鸟炮短枪，腰弓矢佩刀，橐驼驮大炮。正是因为武力强盛，所以才萌生出统一卫拉特的雄心，成为苏勒坦在卫拉特的最大对手，也因为连年征战、穷兵黩武，最终走向灭亡。
总之，乾元帝征服的是一块东至阿尔泰山、北塔山，南抵古尔班通古特沙漠（准噶尔沙漠），西邻阿拉湖，北达额达尔齐斯河、鄂毕河流域的辽阔地区。因为地域太过辽阔，设一个万户府皇帝不放心，遂决定分拆为两个万户府治理。
他将生活在额达尔齐斯河、鄂毕河流域附属于准噶尔本部的土尔扈特九部、杜尔伯特四部和一些布里亚特人、吉尔吉斯人部落，编为十三个鄂托克，外加塔尔巴哈台一府，合并为土尔扈特万户府，首府为塔尔巴哈台。以土尔扈特部台吉额墨根为土绵，杜尔伯特部台吉鄂尔罗斯为万户长，又以心腹、西域总兵卫征为塔尔巴哈台将军。这将军一职，虽然与总兵、都千户一样，都是正二品，比正一品的万户长、从一品的土绵低，可平时并不受万户长、土绵节制，战时才归万户长征调，实际权力比总兵、都千户大。因为卫征立下战功，所以授了此职，某种程度上算是升迁。西域总兵一职则由布和阿尔图接替。
剩下的准噶尔本部地区则被编成了霍博克赛里、克拉玛依、裕民、乌鲁木齐、别失八里、玛纳斯、乌苏七府之地和九个鄂托克，以霍博克赛里为首府。苏勒坦任自己的岳父准噶尔部台吉达尔玛为土绵，擢立下大功的心腹、副提督兼叶尔羌总兵乌日根达莱为万户长，又以辉特部贵族阿勒达尔和硕奇为霍博克赛里将军，叶尔羌总兵一职则由昆都仑乌巴什的孙子托罗什瑚担任，算是皇帝对兼并昆都仑乌巴什部众的一个补偿。
帝王用人需要权衡方方面面的关系，所谓雄主，无一不是分大饼的高手。这一套，已经执掌马鞭十九年的苏勒坦驾轻就熟，轻轻松松就将两个省的人事搞定。然而，他却并不急着返回拉萨，还想做一件历代辉特部首领都没能做成的事，取代黄金家族做全蒙古的共主、让伊克明安氏取代孛儿只斤氏成为全蒙古的大汗。