随后十月，刘玄随谢禄赤膊到长乐宫，将皇帝的印绶献给刘盆子。赤眉军罪，置于庭中，准备杀掉。刘恭、谢禄为更始帝说情，赤眉军没有答应，于是把更始帝带走。刘恭追呼说：“我是极力护卫圣公的，请让我死在圣公前面。”拔剑要自杀，赤眉军统帅樊崇等连忙共同把他救下，于是赦免更始帝，封为畏威侯。刘恭再次为更始帝求情，竟然封了更始帝为长沙王。更始帝常依谢禄居住，刘恭也加以卫护。
三辅苦于赤眉军暴虐，都怜悯更始帝，而张卬等深以为虑，对谢禄说：“现在各营统帅多想夺取圣公，一旦失去圣公，大家合兵向你进攻，你就是自取灭亡了。”于是谢禄派亲兵与更始帝一起到郊外去牧马，密令亲兵把更始帝缢死。刘恭夜晚去为更始帝收尸。刘秀听到消息很是悲伤，念更始帝亦是刘氏嫡孙，又为族兄，思为同祖一源，故诏令大司徒邓禹将刘玄葬于霸陵。
随后刘玄的故事就被人丑化了，刘玄是西汉远支皇族，光武帝刘秀的族兄。刘玄年轻时尚义任侠，喜欢结交豪杰，因为弟弟被杀的缘故，曾计划与门客们一起报仇，不巧有位门客因为犯法被捕，将刘玄的计划告知官府，导致刘玄只好逃离老家舂陵乡，潜入平林聚避难。
西汉权臣王莽篡位称帝、建立新朝后，拼命地打击、迫害刘氏皇族，由此导致后者的愤恨，立志光复故朝、重整山河，而王莽称帝后的一系列“自杀式”举动，也为他们提供了反击的绝佳良机。
刘玄是西汉远支皇族，后加入绿林军，王莽本是一介腐儒，称帝后进行“托古改制”，用早已不合时宜的周礼来改造社会，不仅未能缓和社会矛盾，反而造成天下更剧烈的动荡，加之灾害四起、外族入侵，使得百姓无以为生、怨声四起。在这种情况下，绿林军、赤眉军纷纷起兵反抗，并形成两股最主要的反莽势力。
地皇三年（22年）七月，等到绿林军经过平林聚时，当地豪强陈牧、廖谌等率领数千人响应，号称平林军，刘玄闻讯后也赶来参加。同年十月，刘玄的族弟刘縯、刘秀兄弟在舂陵举兵，因为势力单薄，便主动加入到绿林军系统中，并且凭借着过人的军事才能，屡败王莽大军，由此名声大振。
论能力、名望，刘縯本应当被立为皇帝，经过一连串的胜利，绿林军的规模扩充至数十万人，在这种情况下，为了增强凝聚力、号召力，拥立一位汉朝宗室为帝，已成为各路领袖的共识。当时，最有资格担此重任的莫过于刘縯，然而绿林军大将朱鲔、张卬等人因为出于嫉妒和畏惧心理，极不情愿由一位强势人物来统领他们，倒是看中貌似庸劣不堪的刘玄。
在这种情况下，朱鲔、张卬抢先一步做好拥立刘玄为帝的打算，然后将刘縯从前线召回，逼使他承认现状。刘縯虽然极不甘心，但从安定团结的大局出发，便只好默认事实。就这样，在地皇四年（23年）二月，绿林军在南阳淯水河畔筑坛祭天，拥立刘玄为皇帝，复国号为汉，改元为更始。
据史书记载，刘玄在登基大典上畏畏缩缩、羞愧流汗，举着手向群臣行礼，却连话都说不出来，实在是狼狈至极，这史书都是胜利者书写的，非常可以理解。
刘玄灭掉王莽，成为“天下之主”。更始政权刚刚建立，便发生极为严重的内讧，朱鲔等人因为畏惧刘縯的名望，便唆使刘玄以“抗命”的罪名将其杀害。同年九月，绿林军攻陷长安，灭亡新朝，而王莽也死于乱军之中。次年二月，身居洛阳的刘玄宣布还都长安，由此成为“天下之主”。