确实，在菊姬悉心关心照顾下成长起来的孝明天皇，感受着父主外、母主内带来的轻松和愉悦，在他看来，只要沿着秀保的路走下去，便不会出大错，秀保现在做的，不是对权力的恋栈，而是真心实意地为自己和后代铺路。试问历史上真正这么想的皇帝和储君有多少呢？
只是天不遂人愿，不到一年时间，秀保身边最重要、天下苍生甚为仰赖的两人先后离去，这不仅对秀保，对皇室、朝廷、黎明百姓更是巨大打击。
现在天下需要的是什么？是稳定，是尽快从这种悲怆带来的扰乱中镇定下来，从皇室下一步动作中看到希望。
因此，秀保强忍着丧子丧妻的悲痛，支持嫡长孙佑仁（二十七岁，后花山天皇外孙）践祚，史称“孝严天皇”，明年改元“明和”。
孝严天皇时期，延续着皇统年间的政策，地方大名势力进一步削弱，至明和二十五年（1678年）松州通判、石川郡守、松国公蒲生秀明奉还版籍，除亲藩外，日本全国已无知行五万石以上势力，此时距离庆长三年（1598年）秀保颁布《知行奉还书》已经过去整整八十年。
期间，为巩固少年天子的权威，确保百年之后的长治久安，秀保还支持孝严天皇削减亲藩的封地。
论封地大小，几个亲藩和准亲藩中，坂本宫江亲王以三十六万石位居榜首，但论重要程度，却是以坐镇江户、监控关东和东北的江户宫藏亲王为首。
但藏王一系身体羸弱且人丁单薄，如高仁亲王于明和元年（1654年）薨逝，时年五十三岁，为秀保诸子中最先逝去；仅仅六年，也就是明和七年（1660年），其子光仁亲王也久病不治，留下了年仅七岁的穆仁继位。
由于事发突然，江户宫内部隐藏的矛盾开始浮出水面，太王太后、王太后背后的家族势力互相倾轧，家臣也开始互相站队攻讦，发展到后期更是刀兵相向，更有家臣软禁穆仁于宫中，借机发号施令。
此时，别说是震慑东国势力，能不让他们看笑话已是万幸，朝廷已然威严扫地。
这一变故被称为“江户骚乱”。在秀保的授意下，孝严天皇果断处置，先是派遣大臣进行调和并乘机接管了江户军势，局势稍定后，详细调查审理，严惩挑唆是非、欺主罔上之徒。
事后，一方面，以穆仁年幼无法秉政为由，宣布江户宫封地纳入天皇直辖（即“天领”），安排流官治理，高仁亲王一脉全部召回京都居住；另一方面，借机打压背后势力，致使纪伊、尾张、大和丰臣氏和福岛、结城等势力大受波及，其中以纪伊丰臣氏受罚最重，从三十五万直接削减至十六万石，总计收回土地石高近七十万石。
明和九年（1662），秀保病重之际，贤仁亲王之子、“三护国”之一的晃仁亲王借口对江户处置不满，决定先发制人，主动出兵攻打京畿，是为“壬寅之乱”。
经孝严天皇御驾亲征及清仁、兴仁亲王大力支持，仅十余天平定，晃仁亲王自尽，封地全部没收，全族流放八丈岛。
和泉丰臣氏当主丰臣秀晴受波及免去官职且封地削减至一万石，纪伊丰臣氏当主丰臣秀达封地再遭削减至四万石，清仁、兴仁亲王自请纳土归京，孝严天皇不允，仍维持原有封地，但当主需常年留京，亲藩势力大幅削弱。